تفسير تغييرات أرقام النسخ: التضخيم والكسب والخسارة والحذف

المفردات

يحتوي الجينوم الثنائي الصبغي الطبيعي على نسختين من كل جين جسمي. التضخيم يعني عادة العديد من النسخ الإضافية (غالبًا ما يتم تعريفها على أنها ستة أو أكثر) تركز على منطقة صغيرة، وعادةً ما يؤدي إلى تعبير زائد قوي، كما هو الحال مع HER2 أو MYC.

الكسب يعني زيادة متواضعة (ثلاث أو أربع نسخ)، غالبًا عبر منطقة كبيرة وذات أهمية أقل تأكيدًا. الخسارة المتغايرة هي نسخة واحدة متبقية؛ الحذف المتماثل أو الحذف الثنائي هو فقدان كلا النسختين، مما يؤدي إلى إزالة جين مثل CDKN2A بالكامل.

يتم تعيين العتبات بواسطة المختبر

لا يوجد قطع عالمي لأرقام النسخ. قد يستدعي أحد المختبرات التضخيم عند النسخة رقم ستة، وآخر عند النسخة الثامنة، ويؤثر الصيغة الصبغية المرجعية المفترضة للورم على الحساب.

وهذا يعني أن استدعاء التضخيم من تقرير واحد لا يمكن مقارنته بشكل مباشر بآخر دون معرفة الحد الأدنى والطريقة.

النقاء والتشويه الصبغي

تعمل نقاء الورم المنخفض على ضغط إشارات رقم النسخ باتجاه الطبيعي، لذلك تبدو التضخيمات الحقيقية أصغر ويمكن تفويت عمليات الحذف المتماثلة تمامًا، محجوبة بواسطة النسختين الطبيعيتين اللتين تساهم بهما الخلايا غير الورمية.

مضاعفة الجينوم الكامل، وهو أمر شائع في السرطانات المتقدمة، يرفع الصيغة الصبغية الأساسية، لذا فإن ما يبدو وكأنه مكسب قد يكون شبه طبيعي لذلك الورم، وقد تظل الخسائر الحقيقية تترك نسختين.

البؤري مقابل العريض، وفقدان تغاير الزيجوت

من المرجح أن يكون التضخيم البؤري المتمركز بإحكام على جين واحد دافعًا أكثر من اكتساب واسع لذراع كروموسوم كامل يكتسح العديد من الجينات.

فقدان النسخة المحايدة لتغاير الزيجوت، حيث يتم فقدان نسخة أبوية واحدة وتكرار الأخرى، يبقي المجموع عند اثنين ولكنه يزيل التنوع الجيني ويمكن أن يكشف قناع الطفرة المتنحية. وهو غير مرئي لتحليل أرقام النسخ الذي يقوم فقط بحساب إجمالي النسخ.

ملاحظات التفسير

يجب قراءة نتيجة رقم النسخة مع عتبة المختبر، والنقاء المقدر، وما إذا كان التغيير بؤريًا أم واسعًا.

بالنسبة للاستدعاءات المهمة سريريًا مثل تضخيم HER2 أو MET أو حذف CDKN2A، غالبًا ما يتم استخدام التأكيد المتعامد (على سبيل المثال التهجين الفلوري في الموقع).

الوجبات السريعة الرئيسية

• ·يختلف التضخيم (العديد من النسخ البؤرية) عن الكسب (زيادة متواضعة وواسعة النطاق في كثير من الأحيان).
• ·يؤدي الحذف المتماثل إلى إزالة الجين بالكامل؛ فقدان متغاير الزيجوت يترك نسخة واحدة.
• ·العتبات ونقاء الورم ومضاعفة الجينوم الكامل كلها تشوه المكالمة.
• ·تحمل التغييرات البؤرية والفقد المحايد للنسخة المتغايرة معنى محددًا.