بناء الجينوم المرجعي: لماذا يظهر GRCh37 مقابل GRCh38 في التقارير

ما هو بناء المرجع

الجينوم المرجعي هو تسلسل متفق عليه تتم على أساسه محاذاة ومقارنة قراءات الحمض النووي للشخص. يتم تحديثه بشكل دوري من قبل اتحاد مرجع الجينوم حيث يتم ملء الفجوات وتصحيح الأخطاء.

تم إصدار GRCh37 (يسمى أيضًا hg19) في عام 2009؛ GRCh38 (hg38) في عام 2013، مع استمرار التصحيحات البسيطة. يقوم GRCh38 بتصحيح آلاف الأخطاء وسد الفجوات وتمثيل المناطق التي تختلف بين الأفراد بشكل أفضل.

لماذا تختلف الإحداثيات

نظرًا لأنه تمت إضافة التسلسل وإعادة ترتيبه بين الإصدارات، فإن نفس المتغير يقع في موضع رقمي مختلف في GRCh37 وGRCh38. يجب أن يذكر التقرير البناء الذي تم استخدامه.

تكون التسميات المتغيرة على مستوى البروتين أو النص (على سبيل المثال تغيير حمض أميني محدد) أكثر استقرارًا، وهو أحد الأسباب التي تجعل التقارير السريرية تؤكد على هذا الوصف جنبًا إلى جنب مع الإحداثيات الجينومية.

إصدارات النص مهمة أيضًا

يتم ترقيم متغير الترميز بالنسبة إلى النسخة المرجعية المختارة للجين. يمكن أن تحتوي الجينات على عدة نسخ، واستخدام نسخة مختلفة يغير موضع الترميز وأحيانًا النتيجة المتوقعة.

تستخدم المختبرات بشكل متزايد مجموعات النصوص المرجعية الموحدة لتقليل هذا الغموض، لكن التقارير القديمة قد تستخدم نسخًا مختلفة.

العواقب العملية

عند مقارنة تقرير جديد بتقرير قديم، أو البحث عن متغير في قاعدة بيانات، يجب أن يتطابق البناء والنص أو يجب تحويل الإحداثيات (رفعها). عادةً ما يكون الرفع موثوقًا به ولكنه قد يفشل في المناطق المعاد ترتيبها.

تكون موارد تكرار السكان خاصة بالبناء، لذا فإن التكرار الذي يتم البحث عنه في البناء الخاطئ يمكن أن يكون مضللاً.

ملاحظات التفسير

تحقق من بنية الجينوم والنص المرجعي في أي تقرير متغير قبل مقارنته بمصدر آخر.

يعد الوصف على مستوى البروتين للمتغير هو المعرف الأكثر قابلية للنقل وهو ما ترتكز عليه معظم قواعد البيانات السريرية المنظمة.

الوجبات السريعة الرئيسية

• ·GRCh37 وGRCh38 عبارة عن بنيات مرجعية متتالية؛ متغير له إحداثيات مختلفة في كل منهما.
• ·يجب أن توضح التقارير البنية والنص المرجعي المستخدم.
• ·تعد أوصاف المتغيرات على مستوى البروتين أكثر استقرارًا من الإحداثيات الجينومية.
• ·تتسبب حالات عدم التطابق في البناء في حدوث أخطاء عند مقارنة التقارير أو البحث عن تكرارات المحتوى.