Menafsirkan Perubahan Nomor Salinan: Amplifikasi, Keuntungan, Kerugian dan Penghapusan

Kosakata

Genom diploid normal memiliki dua salinan dari setiap gen autosom. Amplifikasi biasanya berarti banyak salinan tambahan (sering didefinisikan sebagai enam atau lebih) yang terfokus pada wilayah kecil, dan biasanya mendorong ekspresi berlebih yang kuat, seperti pada HER2 atau MYC.

Keuntungan berarti peningkatan kecil (tiga atau empat salinan), sering kali terjadi di wilayah yang luas dan dengan signifikansi yang kurang pasti. Hilangnya heterozigot adalah satu salinan yang tersisa; penghapusan homozigot atau biallelic adalah hilangnya kedua salinan, yang menghilangkan sepenuhnya gen seperti CDKN2A.

Ambang Batas Ditetapkan oleh Laboratorium

Tidak ada batas jumlah salinan yang universal. Satu laboratorium mungkin menyebut amplifikasi pada salinan nomor enam, laboratorium lain pada nomor delapan, dan ploidi referensi yang diasumsikan untuk tumor mempengaruhi penghitungan.

Ini berarti panggilan amplifikasi dari satu laporan tidak dapat dibandingkan secara langsung dengan laporan lain tanpa mengetahui ambang batas dan metodenya.

Distorsi Kemurnian dan Ploidi

Kemurnian tumor yang rendah menekan sinyal jumlah salinan ke arah normal, sehingga amplifikasi nyata terlihat lebih kecil dan penghapusan homozigot dapat terlewatkan seluruhnya, ditutupi oleh dua salinan normal yang disumbangkan oleh sel non-tumor.

Penggandaan seluruh genom, yang umum terjadi pada kanker stadium lanjut, meningkatkan ploidi dasar, jadi apa yang tampak seperti peningkatan mungkin mendekati normal untuk tumor tersebut, dan kerugian sebenarnya mungkin masih menyisakan dua salinan.

Fokus vs Luas, dan Hilangnya Heterozigositas

Amplifikasi fokus yang berpusat pada satu gen lebih cenderung menjadi pendorong dibandingkan perolehan luas seluruh lengan kromosom yang menyapu banyak gen.

Hilangnya heterozigositas yang bersifat copy-neutral, yaitu satu salinan orang tua hilang dan salinan lainnya terduplikasi, sehingga jumlah totalnya tetap dua, namun menghilangkan keragaman genetik dan dapat mengungkap mutasi resesif. Tidak terlihat analisis jumlah salinan yang hanya menghitung jumlah salinan saja.

Catatan Interpretasi

Hasil nomor salinan harus dibaca dengan mempertimbangkan ambang batas laboratorium, perkiraan kemurnian, dan apakah perubahannya bersifat fokus atau luas.

Untuk panggilan yang penting secara klinis seperti amplifikasi HER2 atau MET atau penghapusan CDKN2A, konfirmasi ortogonal (misalnya hibridisasi fluoresensi in-situ) sering digunakan.

Poin Penting

• ·Amplifikasi (banyak salinan fokus) berbeda dengan penguatan (peningkatan yang sederhana dan seringkali luas).
• ·Penghapusan homozigot menghilangkan suatu gen seluruhnya; kerugian heterozigot menyisakan satu salinan.
• ·Ambang batas, kemurnian tumor, dan penggandaan seluruh genom semuanya mendistorsi panggilan tersebut.
• ·Perubahan fokus dan hilangnya heterozigositas yang netral salinan memiliki arti tertentu.