اختبار دمج الجينات: FISH، والكيمياء المناعية، وتسلسل DNA وRNA

التهجين الفلوري في الموقع

يستخدم نظام FISH المتفكك مسبارين ملونين يحيطان بالجين. عندما يكون الجين سليمًا تتداخل الألوان؛ عندما يتم إعادة ترتيبها فإنها تنفصل. يكتشف حدوث استراحة دون تحديد الشريك.

يمكن أن تفوت FISH عمليات إعادة الترتيب الصغيرة داخل الكروموسومات حيث بالكاد تنفصل المجسات، ويتطلب تفسير عدد محدد من النوى مقابل القطع.

الكيمياء المناعية

تكتشف الكيمياء المناعية التعبير غير الطبيعي لبروتين الاندماج، على سبيل المثال بروتين ALK الذي يكون غائبًا بشكل طبيعي في أنسجة الرئة. فهي سريعة ورخيصة الثمن وتعمل على عينات صغيرة، مما يجعلها شاشة جيدة.

تختلف الخصوصية حسب الهدف: فهي عالية بالنسبة لـ ALK ولكنها أقل بالنسبة لـ ROS1 وNTRK، لذا فإن النتائج الإيجابية لهؤلاء غالبًا ما تحتاج إلى تأكيد.

التسلسل المعتمد على الحمض النووي

يمكن لتسلسل الحمض النووي للجيل التالي اكتشاف الاندماجات إذا كان يغطي مناطق نقطة التوقف المزمنة. وتكمن الصعوبة في أن نقاط التوقف غالبًا ما تقع في إنترونات كبيرة جدًا أو متكررة يصعب تجانبها باستخدام المجسات، لذلك يتم إغفال بعض عمليات الاندماج.

تعتبر ألواح الحمض النووي جيدة في الطفرات النقطية ورقم النسخ، لذلك يكون النهج المشترك شائعًا.

التسلسل المعتمد على الحمض النووي الريبي (RNA).

يقرأ تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) النسخة المقسمة، حيث يكون تقاطع الاندماج عبارة عن حد واحد نظيف من إكسون إلى إكسون بغض النظر عن مكان حدوث كسر الحمض النووي في الإنترونات. وهذا يجعله مناسبًا تمامًا لاكتشاف عمليات الدمج وتحديد الشريك والمتغير.

يتطلب RNA عالي الجودة، والذي يمكن أن يكون محدودًا في العينات القديمة أو التي تم حفظها بشكل سيئ، وتظهر بيانات اختبار الكفاءة أن الأداء يختلف بين المختبرات.

ملاحظات التفسير

يجب قراءة نتيجة الدمج السلبية مقابل الطريقة المستخدمة: لوحة DNA ذات التغطية الإلكترونية المحدودة، أو الكيمياء المناعية وحدها، لا تستبعد الدمج بثقة مثل تسلسل RNA.

عندما يكون الدمج المستهدف متوقعًا بشدة ولكن لم يتم العثور عليه، يكون الاختبار بطريقة متعامدة أمرًا معقولاً.

الوجبات السريعة الرئيسية

• ·يكتشف FISH حدوث فاصل ولكن ليس الشريك؛ يمكن تفويت عمليات إعادة الترتيب الصغيرة.
• ·تعتبر الكيمياء المناعية شاشة جيدة، مع خصوصية متغيرة حسب الهدف.
• ·يمكن أن يخطئ تسلسل الحمض النووي عمليات الاندماج ذات نقاط التوقف في الإنترونات الكبيرة.
• ·يقرأ تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) وصلة الاندماج النظيفة وغالبًا ما تكون الطريقة التأكيدية المفضلة.