সিকোয়েন্সিং ফলাফল নিশ্চিত করা: কখন অর্থোগোনাল পরীক্ষার প্রয়োজন হয়

কেন নিশ্চিতকরণ বিদ্যমান

পিসিআর ত্রুটি, সিকোয়েন্সিং কেমিস্ট্রি, পুনরাবৃত্তিমূলক বা জিসি-সমৃদ্ধ অঞ্চলে প্রান্তিককরণের সমস্যা এবং ফরমালিন-প্ররোচিত ডিএনএ ক্ষতি যা বাস্তব মিউটেশনের অনুকরণ থেকে উদ্ভূত হয়। বিভিন্ন ব্যর্থতার মোড আছে এমন একটি অর্থোগোনাল পদ্ধতি দ্বারা নিশ্চিতকরণ মিথ্যা-ইতিবাচক হার হ্রাস করে।

স্যাঙ্গার সিকোয়েন্সিং ছিল প্রথাগত নিশ্চিতকরণ পদ্ধতি; আজ ল্যাবরেটরিগুলি একটি দ্বিতীয় পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং অ্যাস, ডিজিটাল পিসিআর বা অ্যালিল-নির্দিষ্ট পিসিআর ব্যবহার করতে পারে।

কোন কলগুলি নিশ্চিত করা হয়েছে৷

উচ্চ আত্মবিশ্বাসের কল, একটি উচ্চ বৈকল্পিক অ্যালিল ভগ্নাংশ এবং শক্তিশালী পঠন সমর্থন সহ ভালভাবে আচ্ছাদিত অবস্থান, ক্রমবর্ধমানভাবে পৃথক নিশ্চিতকরণ ছাড়াই রিপোর্ট করা হয়, শক্তিশালী বৈধতা ডেটা দ্বারা সমর্থিত।

যে কলগুলি প্রত্নবস্তু হওয়ার সম্ভাবনা বেশি সেগুলি নিশ্চিতকরণের জন্য অগ্রাধিকার দেওয়া হয়: নিম্ন বৈকল্পিক অ্যালিল ভগ্নাংশ, কম কভারেজ, হোমোপলিমার বা পুনরাবৃত্তি অঞ্চল, পরিচিত আর্টিফ্যাক্ট-প্রবণ অবস্থান এবং যে কোনও ফলাফল যা সরাসরি চিকিত্সার একটি বড় সিদ্ধান্ত নিয়ে যায়।

স্যাঙ্গারের সীমা

স্যাঞ্জার সিকোয়েন্সিং এর সনাক্তকরণের সীমা প্রায় 15 থেকে 20 শতাংশ বৈকল্পিক অ্যালিল ভগ্নাংশের, তাই এটি নিম্ন-স্তরের কলগুলি নিশ্চিত করতে পারে না যা পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং করতে পারে। তাদের জন্য, আরও সংবেদনশীল অর্থোগোনাল পদ্ধতি প্রয়োজন।

সেঞ্জার দ্বারা একটি নিম্ন-স্তরের কল নিশ্চিত করতে ব্যর্থতার অর্থ এই নয় যে কলটি ভুল ছিল।

কি নিশ্চিতকরণ প্রমাণ করে না

নিশ্চিতকরণ দেখায় যে বৈকল্পিকটি সত্যই DNA বিশ্লেষণে উপস্থিত রয়েছে। এটি প্রতিষ্ঠিত করে না যে বৈকল্পিকটি জীবাণুর পরিবর্তে সোমাটিক, এটি ক্লোনাল, বা এটি চিকিৎসাগতভাবে অর্থপূর্ণ।

এই প্রশ্নগুলির জন্য জোড়াযুক্ত স্বাভাবিক পরীক্ষা, ক্লোন্যালিটি মূল্যায়ন এবং প্রমাণের ভিত্তিতে ব্যাখ্যা প্রয়োজন।

ব্যাখ্যামূলক নোট

যদি একটি রিপোর্ট নোট করে যে একটি মূল কলটি অর্থোগোনালি নিশ্চিত করা হয়েছে, তাহলে এটি কলটির প্রযুক্তিগত নির্ভুলতার উপর আস্থা যোগ করে।

কম বৈকল্পিক অ্যালিল ভগ্নাংশ কলের জন্য, জিজ্ঞাসা করুন কি নিশ্চিতকরণ পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়েছিল, যেহেতু সেঙ্গার তাদের সমাধান করতে পারে না।

কী টেকওয়েজ

• ·অর্থোগোনাল কনফার্মেশন সিকোয়েন্সিং আর্টিফ্যাক্টের বিরুদ্ধে রক্ষা করে যা বাস্তব মিউটেশনের অনুকরণ করে।
• ·কম-ভিএএফ, কম-কভারেজ এবং পুনরাবৃত্তি-অঞ্চল কলগুলি নিশ্চিতকরণের জন্য অগ্রাধিকার দেওয়া হয়।
• ·স্যাঞ্জার সিকোয়েন্সিং প্রায় 15 থেকে 20 শতাংশ VAF এর নিচের রূপগুলি নিশ্চিত করতে পারে না।
• ·নিশ্চিতকরণ উপস্থিতি প্রমাণ করে, সোমাটিক উৎপত্তি, ক্লোন্যালিটি বা ক্লিনিকাল অর্থ নয়।