ভেরিয়েন্ট অ্যালিল ভগ্নাংশ: একটি প্রতিবেদনে শতাংশের অর্থ কী

মৌলিক গণনা

যদি 1,000টি সিকোয়েন্সিং রিড একটি পজিশন কভার করে এবং 300 টিতে ভেরিয়েন্ট থাকে, তাহলে ভ্যারিয়েন্ট অ্যালিল ভগ্নাংশটি 30 শতাংশ। এটি ডেটা থেকে একটি সরাসরি পরিমাপ, কোষের কোন ভগ্নাংশ মিউটেশন বহন করে তার জৈবিক প্রশ্ন থেকে আলাদা।

একটি বিশুদ্ধ স্বাভাবিক নমুনায় একটি জীবাণুবিষয়ক বৈচিত্র্যের জন্য, প্রত্যাশিত ভগ্নাংশ প্রায় 50 শতাংশ; একটি সমজাতীয় রূপের জন্য, 100 শতাংশের কাছাকাছি।

কি একটি সোমাটিক VAF কম করে

একটি টিউমার নমুনায়, প্রতিটি ক্যান্সার কোষে উপস্থিত একটি ক্লোনাল হেটেরোজাইগাস মিউটেশন স্বাভাবিক কোষ দ্বারা পাতলা হয়। 40 শতাংশ টিউমার বিশুদ্ধতায়, এর ভগ্নাংশ প্রায় 20 শতাংশ। নিম্ন বিশুদ্ধতা এটি আরও কমিয়ে দেয়।

একটি সাবক্লোনাল মিউটেশন, শুধুমাত্র কিছু ক্যান্সার কোষে উপস্থিত, এখনও কম। তাই কম ভগ্নাংশের অর্থ হতে পারে নিম্ন বিশুদ্ধতা, সাবক্লোনালিটি বা উভয়ই, এবং এর বিভিন্ন প্রভাব রয়েছে।

কি একটি VAF বাড়ায় বা বিকৃত করে

কপি-সংখ্যা পরিবর্তন ভগ্নাংশ স্থানান্তরিত. যদি মিউট্যান্ট অ্যালিল প্রশস্ত করা হয়, বা বন্য-টাইপ অ্যালিল মুছে ফেলা হয় (হেটেরোজাইগোসিটির ক্ষতি), বৈকল্পিকটি একটি অপরিষ্কার নমুনায়ও 50 শতাংশের কাছে যেতে পারে বা অতিক্রম করতে পারে। এটি টিউমার-দমনকারী মিউটেশন যেমন TP53 এর জন্য সাধারণ।

পিসিআর পরিবর্ধন পক্ষপাতিত্ব এবং সিকোয়েন্সিং প্রত্নবস্তু নিম্ন-স্তরের ভগ্নাংশকেও বিকৃত করতে পারে, যা একটি কারণ খুব কম VAF কলের জন্য অর্থোগোনাল নিশ্চিতকরণ প্রয়োজন।

রক্ত-ভিত্তিক পরীক্ষায় VAF

টিউমার ডিএনএ সঞ্চালনে, ভগ্নাংশটি প্রতিফলিত করে যে কতটা টিউমার ডিএনএ রক্তে প্রবাহিত হয়, যা ব্যাপকভাবে পরিবর্তিত হয়। একজন সত্যিকারের ড্রাইভার 1 শতাংশের নিচে ভালভাবে উপস্থিত হতে পারে।

রক্ত ​​পরীক্ষা ক্লোনাল হেমাটোপয়েসিস, রক্ত-কোষের ক্লোনের বয়স-সম্পর্কিত প্রসারণ, সাধারণত DNMT3A, TET2 এবং TP53-এর মতো জিনে, যা টিউমার সংকেত বলে ভুল হতে পারে।

ব্যাখ্যামূলক নোট

একটি কম VAF স্বয়ংক্রিয়ভাবে মানে না যে একটি বৈকল্পিক গুরুত্বহীন; 2 শতাংশে একটি সাবক্লোনাল প্রতিরোধের মিউটেশন এখনও চিকিত্সা ব্যর্থতা ব্যাখ্যা করতে পারে।

টিউমারের বিশুদ্ধতা, স্থানীয় অনুলিপি নম্বর এবং অ্যাসের সনাক্তকরণের সীমা সহ VAF একসাথে পড়া উচিত, বিচ্ছিন্নভাবে নয়।

কী টেকওয়েজ

• ·VAF হল রিডের ভগ্নাংশ যা একটি বৈকল্পিক বহন করে, একটি পরিমাপ যা জৈবিক পরিমাণ নয়।
• ·কম টিউমার বিশুদ্ধতা এবং সাবক্লোনালিটি উভয়ই একটি সোম্যাটিক VAF হ্রাস করে।
• ·অনুলিপি-সংখ্যা লাভ বা হেটেরোজাইগোসিটির ক্ষতি 50 শতাংশের দিকে বা তার বেশি হতে পারে।
• ·রক্তে, কম VAF প্রত্যাশিত, এবং ক্লোনাল হেমাটোপয়েসিস টিউমারের রূপগুলি অনুকরণ করতে পারে।