Referensi Pembuatan Genom: Mengapa GRCh37 vs GRCh38 Muncul di Laporan

Apa Itu Pembuatan Referensi

Genom referensi adalah urutan konsensus yang digunakan untuk menyelaraskan dan membandingkan pembacaan DNA seseorang. Ini diperbarui secara berkala oleh Konsorsium Referensi Genom seiring dengan terisinya kesenjangan dan kesalahan diperbaiki.

GRCh37 (juga disebut hg19) dirilis pada tahun 2009; GRCh38 (hg38) pada tahun 2013, dengan perbaikan kecil lanjutan. GRCh38 mengoreksi ribuan kesalahan, menutup kesenjangan, dan mewakili wilayah yang berbeda-beda antar individu dengan lebih baik.

Mengapa Koordinat Berbeda

Karena urutan ditambahkan dan disusun ulang di antara build, varian yang sama berada pada posisi numerik yang berbeda di GRCh37 dan GRCh38. Laporan harus menyatakan bangunan mana yang digunakan.

Tata nama varian pada tingkat protein atau transkrip (misalnya perubahan asam amino spesifik) lebih stabil, yang merupakan salah satu alasan laporan klinis menekankan deskripsi tersebut di samping koordinat genom.

Versi Transkrip Juga Penting

Varian pengkodean diberi nomor relatif terhadap transkrip referensi yang dipilih untuk gen tersebut. Gen dapat memiliki beberapa transkrip, dan penggunaan transkrip yang berbeda akan mengubah posisi pengkodean dan terkadang konsekuensi yang diprediksi.

Laboratorium semakin banyak menggunakan kumpulan transkrip referensi standar untuk mengurangi ambiguitas ini, namun laporan yang lebih lama mungkin menggunakan transkrip yang berbeda.

Konsekuensi Praktis

Saat membandingkan laporan baru dengan laporan lama, atau mencari varian di database, build dan transkrip harus cocok atau koordinat harus dikonversi (diangkat). Liftover biasanya dapat diandalkan tetapi bisa gagal di wilayah yang diatur ulang.

Sumber daya frekuensi populasi bersifat spesifik pada bangunan tertentu, sehingga frekuensi yang dicari pada bangunan yang salah dapat menyesatkan.

Catatan Interpretasi

Periksa pembuatan genom dan transkrip referensi pada laporan varian apa pun sebelum membandingkannya dengan sumber lain.

Deskripsi tingkat protein suatu varian adalah pengidentifikasi paling portabel dan merupakan kunci dari sebagian besar basis data klinis yang dikurasi.

Poin Penting

• ·GRCh37 dan GRCh38 adalah build referensi yang berurutan; suatu varian memiliki koordinat yang berbeda di setiap varian.
• ·Laporan harus menyatakan pembuatan dan transkrip referensi yang digunakan.
• ·Deskripsi varian tingkat protein lebih stabil dibandingkan koordinat genom.
• ·Ketidakcocokan build menyebabkan kesalahan saat membandingkan laporan atau mencari frekuensi populasi.