جزء الأليل المتغير: ماذا تعني النسبة المئوية في التقرير

الحساب الأساسي

إذا كانت 1000 قراءة تسلسلية تغطي موضعًا و300 قراءة تحتوي على المتغير، فإن جزء الأليل المتغير يكون 30 بالمائة. إنه قياس مباشر من البيانات، يختلف عن السؤال البيولوجي حول أي جزء من الخلايا يحمل الطفرة.

بالنسبة لمتغير السلالة الجرثومية المتغاير الزيجوت في عينة طبيعية نقية، يكون الجزء المتوقع حوالي 50 بالمائة؛ بالنسبة لمتغير متماثل اللواقح، ما يقرب من 100 في المئة.

ما الذي يخفض VAF الجسدي

في عينة الورم، يتم تخفيف طفرة متغايرة الزيجوت النسيلية الموجودة في كل خلية سرطانية بواسطة الخلايا الطبيعية. عند نقاء الورم بنسبة 40%، فإن نسبة نقائه تصل إلى 20% تقريبًا. انخفاض النقاء يقلل منه أكثر.

الطفرة تحت النسيلية، الموجودة في بعض الخلايا السرطانية فقط، لا تزال أقل. لذا فإن الجزء المنخفض يمكن أن يعني نقاء منخفض، أو استنساخ فرعي، أو كليهما، وهذا له آثار مختلفة.

ما الذي يرفع أو يشوه VAF

تغييرات رقم النسخ تؤدي إلى إزاحة الكسر. إذا تم تضخيم الأليل الطافر، أو حذف الأليل من النوع البري (فقدان الزيجوت المتغاير)، فيمكن أن يقترب المتغير أو يتجاوز 50 بالمائة حتى في العينة غير النقية. وهذا أمر شائع بالنسبة للطفرات الكابتة للورم مثل TP53.

يمكن أيضًا أن يؤدي انحياز تضخيم PCR والمصنوعات اليدوية للتسلسل إلى تشويه الكسور ذات المستوى المنخفض، وهو أحد الأسباب التي تجعل مكالمات VAF المنخفضة جدًا تحتاج إلى تأكيد متعامد.

VAF في الاختبارات المعتمدة على الدم

في الحمض النووي للورم المنتشر، يعكس الجزء مقدار الحمض النووي للورم الذي تم تسليطه في الدم، والذي يختلف بشكل كبير. يمكن أن يظهر السائق الحقيقي بأقل من 1 بالمائة.

يمكن لاختبارات الدم أيضًا التقاط متغيرات من تكون الدم النسيلي، والتوسع المرتبط بالعمر في استنساخ خلايا الدم، عادةً في الجينات مثل DNMT3A، وTET2، وTP53، والتي يمكن الخلط بينها وبين إشارة الورم.

ملاحظات التفسير

لا يعني انخفاض VAF تلقائيًا أن المتغير غير مهم؛ ولا يزال من الممكن أن تفسر طفرة المقاومة تحت النسيلة بنسبة 2% فشل العلاج.

يجب قراءة VAF مع نقاء الورم ورقم النسخة المحلية وحد اكتشاف المقايسة، وليس بشكل منفصل.

الوجبات السريعة الرئيسية

• ·VAF هو جزء القراءات الذي يحمل متغيرًا، وهو قياس وليس كمية بيولوجية.
• ·انخفاض نقاء الورم والاستنساخ الفرعي كلاهما يقلل من VAF الجسدي.
• ·يمكن أن يؤدي اكتساب عدد النسخ أو فقدان تغاير الزيجوت إلى رفعه نحو 50 بالمائة أو أكثر.
• ·في الدم، من المتوقع انخفاض VAF، ويمكن أن يحاكي تكون الدم النسيلي متغيرات الورم.