Чистота опухоли и секвенирование: сколько рака содержится в образце

Почему чистота устанавливает потолок обнаружения

Если только 20 процентов клеток в образце являются раковыми, гетерозиготная мутация, присутствующая в каждой раковой клетке, появится примерно в 10 процентах считываний секвенирования, поскольку половина копий опухолевой ДНК несет ее.

Если предел обнаружения анализа составляет около 5 процентов, эту мутацию все еще можно обнаружить; если чистота упадет до 10 процентов, та же мутация окажется вблизи или ниже порога обнаружения и может быть пропущена.

Как оценивается чистота

Патологоанатомы оценивают чистоту визуально на окрашенном предметном стекле, но это приблизительная оценка, зависящая от наблюдателя. Биоинформатические методы делают вывод о чистоте самих данных секвенирования, используя фракции аллелей многих вариантов и шаблоны числа копий.

Эти две оценки не всегда согласуются, и образцы низкой чистоты труднее надежно проанализировать любым методом.

Последствия для различных результатов

Низкая чистота больше всего влияет на обнаружение субклональных мутаций, изменений числа копий низкого уровня и, особенно, гомозиготных делеций, которые могут быть замаскированы сигналом нормальных клеток.

Оценки мутационной нагрузки опухоли и микросателлитной нестабильности также менее надежны при низкой чистоте, поскольку меньше сигнала опухоли для измерения.

Улучшение образца

Макродиссекция или микродиссекция, когда патологоанатом отмечает, а лаборатория соскабливает богатую опухолями область предметного стекла, повышает эффективную чистоту. Другими вариантами являются выбор более клеточного блока или запрос свежей биопсии.

Лаборатории обычно устанавливают минимальный порог чистоты, ниже которого они не сообщают или сообщают с оговоркой.

Примечания по интерпретации

В отчете должно быть указано предполагаемое содержание опухоли. Отрицательный результат для образца низкой чистоты является слабым доказательством истинного отсутствия.

Если клинически ожидаемая мутация не обнаружена и чистота низкая, часто требуется повторное тестирование на более качественном образце, прежде чем сделать вывод, что опухоль является отрицательной.

Ключевые выводы

• ·Чистота опухоли представляет собой долю раковых клеток в образце и ограничивает чувствительность обнаружения.
• ·Низкая чистота может привести к тому, что реальные мутации окажутся ниже предела обнаружения анализа.
• ·Наиболее подвержены гомозиготным делециям и субклональным изменениям.
• ·Макродиссекция и отбор проб могут повысить эффективную чистоту.