Вариантная аллельная фракция: что означает процент в отчете

Базовый расчет

Если 1000 считываний секвенирования покрывают позицию, а 300 содержат вариант, фракция аллеля варианта составляет 30 процентов. Это прямое измерение данных, отличное от биологического вопроса о том, какая часть клеток несет мутацию.

Для гетерозиготного варианта зародышевой линии в чистом нормальном образце ожидаемая доля составляет около 50 процентов; для гомозиготного варианта — около 100 процентов.

Что снижает соматическую ВАФ

В образце опухоли клональная гетерозиготная мутация, присутствующая в каждой раковой клетке, разбавляется нормальными клетками. При 40-процентной чистоте опухоли ее доля составляет примерно 20 процентов. Более низкая чистота еще больше снижает ее.

Субклональная мутация, присутствующая лишь в некоторых раковых клетках, еще ниже. Таким образом, низкая фракция может означать низкую чистоту, субклональность или и то, и другое, и это имеет разные последствия.

Что повышает или искажает ВАФ

Изменения номера копии смещают дробь. Если мутантный аллель амплифицируется или аллель дикого типа удаляется (потеря гетерозиготности), вариант может приблизиться или превысить 50 процентов даже в нечистом образце. Это характерно для мутаций-супрессоров опухолей, таких как TP53.

Смещение ПЦР-амплификации и артефакты секвенирования также могут искажать фракции низкого уровня, что является одной из причин, по которой очень низкие вызовы VAF требуют ортогонального подтверждения.

VAF при тестировании на основе крови

В циркулирующей опухолевой ДНК эта фракция отражает, сколько опухолевой ДНК попадает в кровь, и оно широко варьируется. Настоящий водитель может оказаться гораздо ниже 1 процента.

Анализы крови также могут выявить варианты клонального гемопоэза, возрастного расширения клонов клеток крови, обычно в таких генах, как DNMT3A, TET2 и TP53, которые можно ошибочно принять за опухолевый сигнал.

Примечания по интерпретации

Низкий уровень VAF не означает автоматически, что вариант неважен; субклональная мутация устойчивости в 2 процентах все еще может объяснить неудачу лечения.

VAF следует оценивать вместе с чистотой опухоли, локальным числом копий и пределом обнаружения анализа, а не изолированно.

Ключевые выводы

• ·VAF представляет собой долю ридов, несущих вариант, измерение, а не биологическую величину.
• ·Низкая чистота и субклональность опухоли уменьшают соматическую ВАФ.
• ·Увеличение числа копий или потеря гетерозиготности может поднять ее до 50 процентов или выше.
• ·В крови ожидается низкий уровень ВАФ, а клональный гемопоэз может имитировать варианты опухоли.