জিন ফিউশন টেস্টিং: ফিশ, ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি, ডিএনএ এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং

ফ্লুরোসেন্স ইন-সিটু হাইব্রিডাইজেশন

ব্রেক-অ্যাপার্ট FISH একটি জিনের পাশে দুটি রঙিন প্রোব ব্যবহার করে। যখন জিন অক্ষত থাকে রং ওভারল্যাপ হয়; যখন এটি পুনরায় সাজানো হয় তখন তারা আলাদা হয়। এটি সনাক্ত করে যে অংশীদারকে সনাক্ত না করেই একটি বিরতি ঘটেছে।

FISH ছোট ইন্ট্রাক্রোমোসোমাল পুনর্বিন্যাসগুলি মিস করতে পারে যেখানে প্রোবগুলি সবেমাত্র আলাদা হয়, এবং এটি কাটা-অফের বিপরীতে নির্দিষ্ট সংখ্যক নিউক্লিয়াসের ব্যাখ্যার প্রয়োজন হয়।

ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি

ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি ফিউশন প্রোটিনের অস্বাভাবিক অভিব্যক্তি সনাক্ত করে, উদাহরণস্বরূপ ALK প্রোটিন যা সাধারণত ফুসফুসের টিস্যুতে অনুপস্থিত থাকে। এটি দ্রুত, সস্তা এবং ছোট নমুনাগুলিতে কাজ করে, এটি একটি ভাল পর্দা তৈরি করে।

নির্দিষ্টতা লক্ষ্যভেদে পরিবর্তিত হয়: এটি ALK-এর জন্য বেশি কিন্তু ROS1 এবং NTRK-এর জন্য কম, তাই তাদের জন্য ইতিবাচক ফলাফল প্রায়ই নিশ্চিতকরণের প্রয়োজন হয়।

ডিএনএ-ভিত্তিক সিকোয়েন্সিং

ডিএনএ পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং ফিউশন সনাক্ত করতে পারে যদি এটি অন্তর্নিহিত ব্রেকপয়েন্ট অঞ্চলগুলিকে কভার করে। অসুবিধা হল যে ব্রেকপয়েন্টগুলি প্রায়শই খুব বড় বা পুনরাবৃত্তিমূলক ইন্ট্রোনে পড়ে যা প্রোবের সাথে টাইল করা কঠিন, তাই কিছু ফিউশন মিস হয়।

ডিএনএ প্যানেলগুলি পয়েন্ট মিউটেশন এবং কপি নম্বরে ভাল, তাই একটি সম্মিলিত পদ্ধতি সাধারণ।

RNA-ভিত্তিক সিকোয়েন্সিং

আরএনএ সিকোয়েন্সিং বিভক্ত ট্রান্সক্রিপ্ট পড়ে, যেখানে ফিউশন জংশন হল একটি একক পরিচ্ছন্ন এক্সন-টু-এক্সন সীমানা যেখানেই ডিএনএ ব্রেক ঘটেছে তা নির্বিশেষে। এটি ফিউশন সনাক্তকরণ এবং অংশীদার এবং বৈকল্পিক সনাক্তকরণের জন্য এটিকে উপযুক্ত করে তোলে।

এটির জন্য ভাল-মানের RNA প্রয়োজন, যা পুরানো বা খারাপভাবে সংরক্ষিত নমুনায় সীমিত হতে পারে এবং দক্ষতা-পরীক্ষার ডেটা দেখায় যে কর্মক্ষমতা পরীক্ষাগারগুলির মধ্যে পরিবর্তিত হয়।

ব্যাখ্যামূলক নোট

ব্যবহৃত পদ্ধতির বিপরীতে একটি নেতিবাচক ফিউশন ফলাফল পড়া উচিত: সীমিত ইন্ট্রোনিক কভারেজ সহ একটি ডিএনএ প্যানেল, বা একা ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি, আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের মতো আত্মবিশ্বাসের সাথে ফিউশনকে বাদ দেয় না।

যখন একটি লক্ষ্যযোগ্য ফিউশন দৃঢ়ভাবে প্রত্যাশিত কিন্তু পাওয়া যায় না, একটি অর্থোগোনাল পদ্ধতি দ্বারা পরীক্ষা করা যুক্তিসঙ্গত।

কী টেকওয়েজ

• ·FISH সনাক্ত করে যে একটি বিরতি ঘটেছে কিন্তু অংশীদার নয়; ছোট পুনর্বিন্যাস মিস করা যেতে পারে।
• ·ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি একটি ভাল পর্দা, লক্ষ্য অনুসারে পরিবর্তনশীল নির্দিষ্টতা সহ।
• ·ডিএনএ সিকোয়েন্সিং বড় ইন্ট্রোনে ব্রেকপয়েন্ট সহ ফিউশন মিস করতে পারে।
• ·আরএনএ সিকোয়েন্সিং ক্লিন ফিউশন জংশন পড়ে এবং এটি প্রায়শই পছন্দের নিশ্চিতকরণ পদ্ধতি।