Secuenciación del exoma completo versus secuenciación del genoma completo: lo que cubre cada uno

Qué lee la secuenciación del exoma

La secuenciación del exoma completo utiliza sondas de captura para enriquecer los exones que codifican proteínas antes de la secuenciación. Debido a que se dirige a una pequeña fracción del genoma, puede lograr una cobertura profunda de las regiones codificantes a un costo moderado.

Detecta de forma fiable mutaciones puntuales codificantes y pequeñas inserciones y eliminaciones, y proporciona una visión de todo el genoma de la carga de mutaciones codificantes, pero su captura es desigual y cubre pobremente la variación estructural y no codificante.

Qué aporta la secuenciación del genoma

La secuenciación del genoma completo no tiene paso de captura, por lo que la cobertura es más uniforme e incluye intrones, promotores, regiones reguladoras y el espacio entre genes.

Esto lo hace mejor para reordenamientos estructurales, variantes intrónicas profundas que afectan el empalme, el ADN mitocondrial y el análisis de firmas mutacionales. Genera muchos más datos y cuesta más ejecutarlo y almacenarlo.

Uso en cáncer

Los estudios de investigación de tumores utilizan ambos; Clínicamente, los paneles dirigidos dominan porque son más baratos, más rápidos y más fáciles de interpretar. La secuenciación del genoma completo se utiliza en algunos programas nacionales y para tumores donde los paneles no son informativos.

La carga mutacional del tumor se define a partir de los datos del exoma completo en su forma original, y las estimaciones basadas en paneles se calibran en función de ella, lo cual es relevante al comparar valores entre ensayos.

Uso en enfermedades hereditarias

Para enfermedades hereditarias raras, la secuenciación del exoma completo tiene un rendimiento diagnóstico sólido, y la secuenciación del genoma completo agrega diagnósticos incrementales al detectar variantes estructurales y no codificantes que el exoma pasa por alto.

Ambos plantean la cuestión de los hallazgos secundarios en genes no relacionados con el motivo de la prueba, que los laboratorios manejan de acuerdo con el consentimiento y la política.

Notas de interpretación

Ningún enfoque garantiza una cobertura completa; la captura del exoma tiene lagunas e incluso la secuenciación del genoma tiene dificultades con regiones altamente repetitivas.

El informe debe indicar el método y la cobertura promedio, y un resultado negativo está limitado por lo que realmente se secuenció bien.

Conclusiones clave

• ·La secuenciación del exoma cubre profundamente las regiones codificantes a un costo menor, pero omite la variación estructural y no codificante.
• ·La secuenciación del genoma tiene una cobertura uniforme y captura variantes estructurales, intrónicas y regulatorias.
• ·Las pruebas clínicas de cáncer utilizan principalmente paneles específicos; La secuenciación del genoma se utiliza en programas específicos.
• ·La carga mutacional del tumor está anclada a los datos del exoma, lo que afecta la comparación entre ensayos.