Interpretación de cambios en el número de copias: amplificación, ganancia, pérdida y eliminación

El vocabulario

Un genoma diploide normal tiene dos copias de cada gen autosómico. La amplificación generalmente significa muchas copias adicionales (a menudo definidas como seis o más) enfocadas en una región pequeña y, por lo general, genera una fuerte sobreexpresión, como ocurre con HER2 o MYC.

Ganancia significa un aumento modesto (tres o cuatro copias), a menudo en una región grande y de importancia menos segura. La pérdida heterocigótica es una copia restante; La deleción homocigótica o bialélica es la pérdida de ambas copias, lo que elimina por completo un gen como CDKN2A.

Los umbrales los establece el laboratorio

No existe un límite universal para el número de copias. Un laboratorio puede pedir amplificación en la copia número seis, otro en la ocho, y la ploidía de referencia supuesta para el tumor afecta al cálculo.

Esto significa que una llamada de amplificación de un informe no es directamente comparable a otro sin conocer el umbral y el método.

Distorsión de pureza y ploidía

La baja pureza del tumor comprime las señales del número de copias hacia lo normal, por lo que las amplificaciones reales parecen más pequeñas y las deleciones homocigotas pueden pasarse por alto por completo, enmascaradas por las dos copias normales aportadas por células no tumorales.

La duplicación del genoma completo, común en los cánceres avanzados, aumenta la ploidía inicial, por lo que lo que parece una ganancia puede ser casi normal para ese tumor, y las pérdidas verdaderas aún pueden dejar dos copias.

Focal versus amplio y pérdida de heterocigosidad

Es más probable que una amplificación focal estrechamente centrada en un gen sea un impulsor que una ganancia amplia de un brazo cromosómico completo que barre muchos genes.

La pérdida de heterocigosidad por copia neutral, donde una copia parental se pierde y la otra se duplica, mantiene el total en dos, pero elimina la diversidad genética y puede desenmascarar una mutación recesiva. Es invisible para el análisis del número de copias que solo cuenta las copias totales.

Notas de interpretación

El resultado del número de copias debe leerse con el umbral del laboratorio, la pureza estimada y si el cambio es focal o amplio.

Para llamadas clínicamente importantes, como la amplificación de HER2 o MET o la eliminación de CDKN2A, a menudo se utiliza la confirmación ortogonal (por ejemplo, hibridación fluorescente in situ).

Conclusiones clave

• ·La amplificación (muchas copias focales) difiere de la ganancia (un aumento modesto, a menudo amplio).
• ·La deleción homocigótica elimina un gen por completo; la pérdida heterocigótica deja una copia.
• ·Los umbrales, la pureza del tumor y la duplicación del genoma completo distorsionan la llamada.
• ·Los cambios focales y la pérdida de heterocigosidad de copia neutral tienen un significado específico.