Secuenciación de ARN versus ADN en cáncer: complementaria, no intercambiable
El perfil molecular del tumor puede comenzar a partir del ADN o del ARN. No son dos formas de hacer lo mismo: la secuenciación del ADN lee el genoma, la secuenciación del ARN lee lo que se expresa y cómo se empalman las transcripciones. Cada uno tiene claras fortalezas y puntos ciegos.
Respuesta Rápida
El perfil molecular del tumor puede comenzar a partir del ADN o del ARN. No son dos formas de hacer lo mismo: la secuenciación del ADN lee el genoma, la secuenciación del ARN lee lo que se expresa y cómo se empalman las transcripciones. Cada uno tiene claras fortalezas y puntos ciegos.
Qué captura la secuenciación de ADN
La secuenciación del ADN detecta mutaciones puntuales, pequeñas inserciones y eliminaciones, cambios en el número de copias y, con una cobertura intrónica adecuada, algunos reordenamientos estructurales. Funciona a partir del genoma estable, por lo que hay una variante presente independientemente de que el gen se exprese o no.
El ADN también es más robusto en tejido de archivo fijado con formalina que el ARN, y la comparación de la línea germinal requiere ADN.
Qué aporta la secuenciación de ARN
La secuenciación de ARN lee las transcripciones, por lo que muestra directamente las fusiones de genes en su unión empalmada, cambios de empalme como la omisión del exón 14 de MET y los niveles de expresión.
Debido a que captura la consecuencia funcional, el ARN puede confirmar que una variante de ADN de efecto incierto realmente altera el empalme y puede detectar fusiones que un panel de ADN pasó por alto.
Donde cada uno se queda corto
Los paneles de ADN pueden pasar por alto fusiones con puntos de ruptura en intrones grandes y no pueden confirmar un efecto de empalme. La secuenciación de ARN no puede detectar una mutación en un gen que no se expresa, es más sensible a la calidad de la muestra y está menos establecida en cuanto al número de copias y la carga mutacional del tumor.
Ninguno de los dos reemplaza la prueba de línea germinal, que es un análisis separado basado en ADN en tejido normal.
Ejecutando ambos
Muchos ensayos de perfiles integrales ahora combinan un panel de ADN con un panel de fusión de ARN, utilizando ADN para mutaciones y número de copias y ARN para fusiones y eventos de empalme.
Los datos de las pruebas de competencia muestran que el rendimiento de la detección de fusión de ARN varía entre laboratorios, por lo que el método y la validación siguen siendo importantes incluso dentro de un ensayo combinado.
Notas de interpretación
Si un informe es solo de ADN y se espera clínicamente un controlador de fusión pero no existe, la prueba de ARN es el siguiente paso razonable.
Un hallazgo relacionado con el empalme, como la omisión del exón 14 de MET, se establece con mayor confianza cuando la evidencia de ARN lo respalda.
Conclusiones clave
- ·La secuenciación de ADN lee el genoma: mutaciones, número de copias, algunos reordenamientos, comparación de líneas germinales.
- ·La secuenciación de ARN lee transcripciones: fusiones en la unión, cambios de empalme, expresión.
- ·El ADN puede pasar por alto fusiones intrónicas profundas; El ARN puede pasar por alto variantes en genes no expresados y necesita un buen ARN.
- ·Los ensayos completos emparejan cada vez más un panel de ADN con un panel de fusión de ARN.
Poner estos genes en el contexto de la vía.
Preguntas frecuentes
¿Cuál es la idea clave en Secuenciación de ARN versus ADN en cáncer: complementaria, no intercambiable?
El perfil molecular del tumor puede comenzar a partir del ADN o del ARN. No son dos formas de hacer lo mismo: la secuenciación del ADN lee el genoma, la secuenciación del ARN lee lo que se expresa y cómo se empalman las transcripciones. Cada uno tiene claras fortalezas y puntos ciegos.
¿Qué se debe conservar con el resultado o mecanismo?
La secuenciación de ARN lee transcripciones: fusiones en la unión, cambios de empalme, expresión. El ADN puede pasar por alto fusiones intrónicas profundas; El ARN puede pasar por alto variantes en genes no expresados y necesita un buen ARN. Los ensayos completos combinan cada vez más un panel de ADN con un panel de fusión de ARN.
Referencias
- 1Secuenciación de ARN para la detección de genes de fusión de tumores sólidos: práctica y rendimiento de pruebas de competencia. Archivos de Patología y Medicina de Laboratorio, 2024. PubMed
- 2Directrices para la validación de paneles oncológicos basados en secuenciación de próxima generación. Revista de Diagnóstico Molecular, 2017. PubMed
- 3Guía de pruebas moleculares actualizada para la selección de pacientes con cáncer de pulmón para tratamiento con inhibidores de tirosina quinasa específicos. Archivos de Patología y Medicina de Laboratorio, 2018. PubMed
- 4Paneles de mutación somática: es hora de limpiar sus nombres. Genética del cáncer, 2019. PubMed
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