Pruebas de fusión genética: FISH, inmunohistoquímica, secuenciación de ADN y ARN
Las fusiones de genes como las que involucran ALK, ROS1, RET y NTRK son importantes impulsores seleccionables, pero son técnicamente más difíciles de detectar que las mutaciones puntuales. Diferentes métodos responden preguntas ligeramente diferentes y tienen diferentes modos de falla.
Respuesta Rápida
Las fusiones de genes como las que involucran ALK, ROS1, RET y NTRK son importantes impulsores seleccionables, pero son técnicamente más difíciles de detectar que las mutaciones puntuales. Diferentes métodos responden preguntas ligeramente diferentes y tienen diferentes modos de falla.
Hibridación in situ por fluorescencia
FISH separable utiliza dos sondas coloreadas que flanquean un gen. Cuando el gen está intacto, los colores se superponen; cuando se reordena se separan. Detecta que se ha producido una ruptura sin identificar al socio.
FISH puede pasar por alto pequeños reordenamientos intracromosómicos en los que las sondas apenas se separan y requiere la interpretación de un número determinado de núcleos frente a un límite.
Inmunohistoquímica
La inmunohistoquímica detecta la expresión anormal de la proteína de fusión, por ejemplo la proteína ALK que normalmente está ausente en el tejido pulmonar. Es rápido, económico y funciona con muestras pequeñas, lo que la convierte en una buena pantalla.
La especificidad varía según el objetivo: es alta para ALK pero menor para ROS1 y NTRK, por lo que los resultados positivos para estos a menudo necesitan confirmación.
Secuenciación basada en ADN
La secuenciación de ADN de próxima generación puede detectar fusiones si cubre las regiones de punto de ruptura intrónicas. La dificultad es que los puntos de interrupción a menudo caen en intrones muy grandes o repetitivos que son difíciles de conectar con sondas, por lo que se pasan por alto algunas fusiones.
Los paneles de ADN son buenos para las mutaciones puntuales y el número de copias, por lo que es común un enfoque combinado.
Secuenciación basada en ARN
La secuenciación de ARN lee la transcripción empalmada, donde la unión de fusión es un límite único y limpio de exón a exón, independientemente de en qué parte de los intrones se produjo la ruptura del ADN. Esto lo hace muy adecuado para detectar fusiones e identificar la pareja y la variante.
Requiere ARN de buena calidad, que puede ser limitado en muestras más antiguas o mal conservadas, y los datos de las pruebas de competencia muestran que el rendimiento varía entre laboratorios.
Notas de interpretación
Un resultado de fusión negativo debe compararse con el método utilizado: un panel de ADN con cobertura intrónica limitada, o inmunohistoquímica sola, no excluye una fusión con tanta confianza como la secuenciación de ARN.
Cuando se espera firmemente una fusión objetivo pero no se encuentra, es razonable realizar pruebas mediante un método ortogonal.
Conclusiones clave
- ·FISH detecta que se produjo una ruptura pero no el compañero; se pueden pasar por alto pequeños reordenamientos.
- ·La inmunohistoquímica es una buena prueba de detección, con especificidad variable según el objetivo.
- ·La secuenciación de ADN puede omitir fusiones con puntos de ruptura en intrones grandes.
- ·La secuenciación de ARN lee la unión de fusión limpia y suele ser el método de confirmación preferido.
Poner estos genes en el contexto de la vía.
Preguntas frecuentes
¿Cuál es la idea clave en las pruebas de fusión genética: FISH, inmunohistoquímica, secuenciación de ADN y ARN?
Las fusiones de genes como las que involucran ALK, ROS1, RET y NTRK son importantes impulsores seleccionables, pero son técnicamente más difíciles de detectar que las mutaciones puntuales. Diferentes métodos responden preguntas ligeramente diferentes y tienen diferentes modos de falla.
¿Qué se debe conservar con el resultado o mecanismo?
La inmunohistoquímica es una buena prueba de detección, con especificidad variable según el objetivo. La secuenciación de ADN puede pasar por alto fusiones con puntos de ruptura en intrones grandes. La secuenciación de ARN lee la unión de fusión limpia y suele ser el método de confirmación preferido.
Referencias
- 1Secuenciación de ARN para la detección de genes de fusión de tumores sólidos: práctica y rendimiento de pruebas de competencia. Archivos de Patología y Medicina de Laboratorio, 2024. PubMed
- 2Guía de pruebas moleculares actualizada para la selección de pacientes con cáncer de pulmón para tratamiento con inhibidores de tirosina quinasa específicos. Archivos de Patología y Medicina de Laboratorio, 2018. PubMed
- 3Directrices para la validación de paneles oncológicos basados en secuenciación de próxima generación. Revista de Diagnóstico Molecular, 2017. PubMed
- 4Mecanismos de resistencia adquirida a terapias dirigidas contra el cáncer. La naturaleza revisa el cáncer, 2016. PubMed
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