Interprétation des modifications du numéro de copie : amplification, gain, perte et suppression

Le vocabulaire

Un génome diploïde normal possède deux copies de chaque gène autosomique. L'amplification signifie généralement de nombreuses copies supplémentaires (souvent définies comme six ou plus) concentrées sur une petite région et entraîne généralement une forte surexpression, comme avec HER2 ou MYC.

Le gain signifie une augmentation modeste (trois ou quatre exemplaires), souvent sur une vaste région et d'une importance moins certaine. La perte hétérozygote correspond à une copie restante ; la délétion homozygote ou biallélique est la perte des deux copies, ce qui supprime complètement un gène tel que CDKN2A.

Des seuils sont fixés par le laboratoire

Il n'existe pas de limite universelle pour le nombre de copies. Un laboratoire peut appeler l'amplification à la copie numéro six, un autre à huit, et la ploïdie de référence supposée pour la tumeur affecte le calcul.

Cela signifie qu'un appel d'amplification provenant d'un rapport n'est pas directement comparable à un autre sans connaître le seuil et la méthode.

Pureté et distorsion de ploïdie

Une faible pureté tumorale comprime les signaux du nombre de copies vers la normale, de sorte que les amplifications réelles semblent plus petites et que les délétions homozygotes peuvent être entièrement manquées, masquées par les deux copies normales apportées par des cellules non tumorales.

Le doublement du génome entier, courant dans les cancers avancés, augmente la ploïdie de base, de sorte que ce qui semble être un gain peut être presque normal pour cette tumeur, et les pertes réelles peuvent encore laisser deux copies.

Focal vs Broad et perte d'hétérozygotie

Une amplification focale étroitement centrée sur un gène est plus susceptible d'être un facteur déterminant qu'un large gain d'un bras chromosomique entier qui balaie de nombreux gènes.

La perte d'hétérozygotie neutre en termes de copie, dans laquelle une copie parentale est perdue et l'autre dupliquée, maintient le total à deux mais supprime la diversité génétique et peut démasquer une mutation récessive. Il est invisible pour l'analyse du nombre de copies qui ne compte que le nombre total de copies.

Notes d'interprétation

Un résultat du nombre de copies doit être lu avec le seuil du laboratoire, la pureté estimée et si le changement est focal ou large.

Pour les appels cliniquement importants tels que l'amplification de HER2 ou MET ou la délétion de CDKN2A, une confirmation orthogonale (par exemple une hybridation in situ par fluorescence) est souvent utilisée.

Points clés à retenir

• ·L'amplification (nombreuses copies focales) diffère du gain (une augmentation modeste, souvent large).
• ·La délétion homozygote supprime entièrement un gène ; la perte hétérozygote laisse un exemplaire.
• ·Les seuils, la pureté de la tumeur et le doublement du génome entier faussent tous l'appel.
• ·Les changements focaux et la perte d’hétérozygotie neutre en copie ont une signification spécifique.