Séquençage ARN vs ADN dans le cancer : complémentaire, non interchangeable

Ce que le séquençage de l'ADN capture

Le séquençage de l'ADN détecte les mutations ponctuelles, les petites insertions et délétions, les changements du nombre de copies et, avec une couverture intronique adéquate, certains réarrangements structurels. Il fonctionne à partir du génome stable, donc une variante est présente, que le gène soit exprimé ou non.

L’ADN est également plus robuste dans les tissus d’archives fixés au formol que l’ARN, et la comparaison de la lignée germinale nécessite l’ADN.

Ce que le séquençage d'ARN ajoute

Le séquençage de l'ARN lit les transcriptions, de sorte qu'il montre directement les fusions de gènes au niveau de leur jonction épissée, les changements d'épissage tels que le saut de l'exon 14 de MET et les niveaux d'expression.

Parce qu'il capture la conséquence fonctionnelle, l'ARN peut confirmer qu'une variante d'ADN à effet incertain modifie réellement l'épissage, et il peut détecter les fusions manquées par un panel d'ADN.

Là où chacun échoue

Les panels d'ADN peuvent manquer des fusions avec des points de rupture dans de grands introns et ne peuvent pas confirmer un effet d'épissage. Le séquençage de l’ARN ne peut pas détecter une mutation dans un gène qui n’est pas exprimé, est plus sensible à la qualité de l’échantillon et est moins établi en termes de nombre de copies et de charge mutationnelle tumorale.

Ni l'un ni l'autre ne remplace le test de la lignée germinale, qui est une analyse distincte basée sur l'ADN sur des tissus normaux.

Exécution des deux

De nombreux tests de profilage complets combinent désormais un panel d'ADN avec un panel de fusion d'ARN, en utilisant l'ADN pour les mutations et le nombre de copies et l'ARN pour les fusions et les événements d'épissage.

Les données des tests d'aptitude montrent que les performances de détection de fusion d'ARN varient d'un laboratoire à l'autre, de sorte que la méthode et la validation sont toujours importantes même dans le cadre d'un test combiné.

Notes d'interprétation

Si un rapport porte uniquement sur l'ADN et qu'un facteur de fusion est cliniquement attendu mais absent, le test de l'ARN constitue une étape suivante raisonnable.

Une découverte liée à l'épissage telle que le saut de l'exon 14 de MET est établie de manière plus sûre lorsque des preuves d'ARN le soutiennent.

Points clés à retenir

• ·Le séquençage de l'ADN permet de lire le génome : mutations, nombre de copies, certains réarrangements, comparaison de la lignée germinale.
• ·Le séquençage de l'ARN lit les transcrits : fusions à la jonction, changements d'épissage, expression.
• ·L'ADN peut manquer des fusions introniques profondes ; L’ARN peut manquer des variantes dans des gènes non exprimés et a besoin d’un bon ARN.
• ·Les analyses complètes associent de plus en plus un panel d'ADN à un panel de fusion d'ARN.