Tests de fusion de gènes : FISH, immunohistochimie, séquençage d'ADN et d'ARN

Hybridation in situ par fluorescence

Break-apart FISH utilise deux sondes colorées flanquant un gène. Lorsque le gène est intact, les couleurs se chevauchent ; quand il est réorganisé, ils se séparent. Il détecte qu'une rupture s'est produite sans identifier le partenaire.

FISH peut manquer de petits réarrangements intrachromosomiques là où les sondes se séparent à peine, et nécessite l'interprétation d'un nombre défini de noyaux par rapport à un seuil.

Immunohistochimie

L'immunohistochimie détecte l'expression anormale de la protéine de fusion, par exemple la protéine ALK qui est normalement absente du tissu pulmonaire. Il est rapide, bon marché et fonctionne sur de petits échantillons, ce qui en fait un bon écran.

La spécificité varie selon la cible : elle est élevée pour ALK mais plus faible pour ROS1 et NTRK, donc des résultats positifs pour ceux-ci nécessitent souvent une confirmation.

Séquençage basé sur l'ADN

Le séquençage de l’ADN de nouvelle génération peut détecter les fusions s’il couvre les régions de points de rupture introniques. La difficulté est que les points d’arrêt se situent souvent dans des introns très volumineux ou répétitifs qui sont difficiles à mosaïquer avec des sondes, de sorte que certaines fusions sont manquées.

Les panels d’ADN sont efficaces en termes de mutations ponctuelles et de nombre de copies, une approche combinée est donc courante.

Séquençage basé sur l'ARN

Le séquençage de l'ARN lit la transcription épissée, où la jonction de fusion est une seule limite exon à exon propre, quel que soit l'endroit dans les introns où la cassure de l'ADN s'est produite. Cela le rend bien adapté à la détection des fusions et à l’identification du partenaire et du variant.

Cela nécessite un ARN de bonne qualité, qui peut être limité dans les échantillons plus anciens ou mal conservés, et les données des tests d'aptitude montrent que les performances varient d'un laboratoire à l'autre.

Notes d'interprétation

Un résultat de fusion négatif doit être lu par rapport à la méthode utilisée : un panel d'ADN avec une couverture intronique limitée, ou l'immunohistochimie seule, n'exclut pas une fusion avec autant de certitude que le séquençage d'ARN.

Lorsqu'une fusion ciblable est fortement attendue mais n'est pas trouvée, un test par une méthode orthogonale est raisonnable.

Points clés à retenir

• ·FISH détecte qu'une rupture s'est produite mais pas le partenaire ; de petits réarrangements peuvent être manqués.
• ·L'immunohistochimie constitue un bon criblage, avec une spécificité variable selon la cible.
• ·Le séquençage de l'ADN peut manquer des fusions avec des points d'arrêt dans les grands introns.
• ·Le séquençage de l’ARN lit la jonction de fusion propre et constitue souvent la méthode de confirmation privilégiée.