Panneaux NGS vs tests de points d'accès : étendue et concentration

Tests de points chauds

Les tests Hotspot, souvent basés sur la PCR, interrogent une liste définie de positions de mutation récurrentes, par exemple les délétions de l'exon 19 de l'EGFR, L858R et T790M, ou les modifications des codons KRAS 12 et 13. Ils sont rapides, bon marché, sensibles à faible entrée et fonctionnent sur de petits échantillons.

Leur limitation est qu'ils ne trouvent que ce qui figure sur la liste. Une variante inhabituelle ou nouvelle dans le même gène, ou une fusion, ne sera pas détectée.

Panneaux NGS larges

De grands panels séquencent les régions codantes de nombreux gènes et peuvent détecter des substitutions, des insertions et des délétions, des modifications du nombre de copies et souvent des fusions et des biomarqueurs complexes tels que la charge mutationnelle tumorale et l'instabilité des microsatellites.

Ils nécessitent plus de tissu et de temps et coûtent plus cher, mais un seul test peut couvrir des cibles actuelles et émergentes, réduisant ainsi le risque d'épuisement des tissus suite à des tests séquentiels.

Le problème des résultats négatifs

Un résultat de point chaud négatif est courant et peut être trompeur. Par exemple, de nombreuses insertions de l’exon 20 de l’EGFR et des mutations rares de l’EGFR sont manquées par les tests conçus autour des variantes classiques.

Lorsqu'une thérapie ciblée existe pour un type de mutation que le test ne couvre pas entièrement, un résultat négatif doit être traité comme incomplet plutôt que définitif.

Choisir une approche

Dans les contextes où des résultats rapides conduisent à des décisions urgentes, un test de point chaud pour les modifications les plus exploitables suivi d'un séquençage large de réflexes est un compromis courant.

Les lignes directrices recommandent de plus en plus de tests à large panel dès le départ dans des cancers tels que le cancer du poumon non à petites cellules avancé, où plusieurs biomarqueurs ont chacun des médicaments approuvés.

Notes d'interprétation

Un rapport doit répertorier les gènes et les régions couverts. Considérez un résultat négatif par rapport à cette portée, et non comme une absence totale.

Si un test initial limité est négatif et que la suspicion clinique d'un conducteur est élevée, il est approprié de passer à un test plus large.

Points clés à retenir

• ·Les analyses Hotspot sont rapides et sensibles mais détectent uniquement les variantes répertoriées.
• ·De larges panels NGS couvrent de nombreux types d'altérations et biomarqueurs en un seul test.
• ·Un résultat de point chaud négatif peut manquer des insertions de l'exon 20, des mutations et des fusions rares.
• ·Les lignes directrices favorisent de plus en plus les tests sur un large panel dès le départ lorsque plusieurs cibles existent.