Séquençage de l'exome entier ou du génome entier : ce que chacun couvre

Ce que lit le séquençage de l'exome

Le séquençage de l’exome entier utilise des sondes de capture pour enrichir les exons codant pour les protéines avant le séquençage. Parce qu’il cible une petite fraction du génome, il peut atteindre une couverture approfondie des régions codantes à un coût modéré.

Il détecte de manière fiable les mutations ponctuelles codantes et les petites insertions et délétions, et donne une vue à l'échelle du génome de la charge de mutation codante, mais sa capture est inégale et elle couvre mal les variations non codantes et structurelles.

Ce que le séquençage du génome ajoute

Le séquençage du génome entier ne comporte aucune étape de capture, la couverture est donc plus uniforme et inclut les introns, les promoteurs, les régions régulatrices et l’espace entre les gènes.

Cela le rend meilleur pour les réarrangements structurels, les variantes introniques profondes qui affectent l'épissage, l'ADN mitochondrial et l'analyse de signature mutationnelle. Il génère beaucoup plus de données et coûte plus cher à exploiter et à stocker.

Utilisation dans le cancer

Les études de recherche sur les tumeurs utilisent les deux ; cliniquement, les panels ciblés dominent car ils sont moins chers, plus rapides et plus faciles à interpréter. Le séquençage du génome entier est utilisé dans certains programmes nationaux et pour les tumeurs pour lesquelles les panels ne sont pas informatifs.

La charge mutationnelle de la tumeur est définie à partir des données de l'exome entier dans sa forme originale, et les estimations basées sur un panel sont calibrées en fonction de celles-ci, ce qui est pertinent lors de la comparaison des valeurs entre les tests.

Utilisation dans les maladies héréditaires

Pour les maladies héréditaires rares, le séquençage de l'exome entier a un rendement diagnostique solide, et le séquençage du génome entier ajoute des diagnostics incrémentiels en détectant les variantes structurelles et non codantes manquantes à l'exome.

Les deux soulèvent la question des découvertes secondaires dans les gènes sans rapport avec la raison du test, que les laboratoires traitent conformément au consentement et à la politique.

Notes d'interprétation

Aucune des deux approches ne garantit une couverture complète ; La capture de l'exome présente des lacunes et même le séquençage du génome se heurte à des régions hautement répétitives.

Le rapport doit indiquer la méthode et la couverture moyenne, et un résultat négatif est limité à ce qui a été réellement bien séquencé.

Points clés à retenir

• ·Le séquençage de l’exome couvre en profondeur les régions codantes à moindre coût, mais manque les variations non codantes et structurelles.
• ·Le séquençage du génome a une couverture uniforme et capture les variantes structurelles, introniques et réglementaires.
• ·Les tests cliniques du cancer utilisent principalement des panels ciblés ; le séquençage du génome est utilisé dans des programmes spécifiques.
• ·La charge mutationnelle de la tumeur est ancrée dans les données de l’exome, ce qui affecte la comparaison entre les analyses.