Constructions de génome de référence : pourquoi GRCh37 vs GRCh38 apparaît dans les rapports

Qu'est-ce qu'une construction de référence

Le génome de référence est une séquence consensus par rapport à laquelle les lectures d'ADN d'une personne sont alignées et comparées. Il est périodiquement mis à jour par le Genome Reference Consortium à mesure que les lacunes sont comblées et les erreurs corrigées.

GRCh37 (également appelé hg19) a été publié en 2009 ; GRCh38 (hg38) en 2013, avec des correctifs mineurs persistants. GRCh38 corrige des milliers d'erreurs, comble les lacunes et représente mieux les régions qui varient d'un individu à l'autre.

Pourquoi les coordonnées diffèrent

Étant donné que la séquence a été ajoutée et réorganisée entre les versions, la même variante se trouve à une position numérique différente dans GRCh37 et GRCh38. Un rapport doit indiquer quelle version il a utilisée.

La nomenclature des variantes au niveau des protéines ou des transcrits (par exemple un changement spécifique d'acide aminé) est plus stable, ce qui est l'une des raisons pour lesquelles les rapports cliniques mettent l'accent sur cette description aux côtés des coordonnées génomiques.

Les versions de transcription comptent aussi

Un variant codant est numéroté par rapport à un transcrit de référence choisi pour le gène. Les gènes peuvent avoir plusieurs transcriptions, et l’utilisation d’une transcription différente modifie la position de codage et parfois la conséquence prévue.

Les laboratoires utilisent de plus en plus des ensembles de transcriptions de référence standardisés pour réduire cette ambiguïté, mais les rapports plus anciens peuvent utiliser des transcriptions différentes.

Conséquences pratiques

Lors de la comparaison d'un nouveau rapport à un ancien ou de la recherche d'une variante dans une base de données, la construction et la transcription doivent correspondre ou les coordonnées doivent être converties (relevées). Le liftover est généralement fiable mais peut échouer dans les régions réorganisées.

Les ressources de fréquence de population sont spécifiques à une version, donc une fréquence recherchée dans la mauvaise version peut être trompeuse.

Notes d'interprétation

Vérifiez la construction du génome et la transcription de référence sur tout rapport de variante avant de le comparer avec une autre source.

La description au niveau protéique d'un variant est l'identifiant le plus portable et c'est sur quoi se basent la plupart des bases de données cliniques.

Points clés à retenir

• ·GRCh37 et GRCh38 sont des builds de référence successifs ; une variante a des coordonnées différentes dans chacune.
• ·Les rapports doivent indiquer la version et la transcription de référence utilisée.
• ·Les descriptions de variantes au niveau protéique sont plus stables que les coordonnées génomiques.
• ·Les inadéquations de construction provoquent des erreurs lors de la comparaison des rapports ou de la recherche des fréquences de population.