Comment lire un rapport de test génétique pour un cancer héréditaire

Ce qui a été testé

Le rapport doit répertorier les gènes analysés et le type d'analyse : séquençage complet, analyse de réarrangement important (délétion et duplication) ou tests ciblés pour des variantes connues spécifiques. Un gène qui ne figurait pas dans le panel n’a pas été évalué.

Il doit également indiquer le type d'échantillon, généralement du sang ou de la salive, confirmant qu'il s'agit d'un test germinal (constitutionnel) plutôt que d'un test tumoral.

La classification à cinq niveaux

Les variantes sont classées comme pathogènes, probablement pathogènes, de signification incertaine, probablement bénignes ou bénignes. Seules les variantes pathogènes et probablement pathogènes sont considérées comme pouvant donner lieu à une action clinique.

Une variante de signification incertaine signifie que les preuves sont actuellement insuffisantes. Il ne s’agit pas d’un résultat partiellement positif et ne devrait pas en soi entraîner des changements dans le dépistage ou la chirurgie.

Positif, négatif et peu informatif

Un résultat positif identifie un variant pathogène ou probablement pathogène. Un vrai négatif s’applique lorsqu’une variante familiale spécifique a été testée et n’a pas été trouvée ; le risque de la personne revient alors généralement au niveau de la population.

Un résultat négatif non informatif, dans lequel aucun variant n'est trouvé mais aucun variant familial n'est connu, n'exclut pas un risque héréditaire, notamment en cas d'antécédents familiaux forts.

Signification spécifique au gène

Les implications d'un variant pathogène dépendent du gène. Les gènes à haut risque tels que BRCA1, BRCA2 et les gènes de réparation des mésappariements ont établi des voies de surveillance et de réduction des risques. Les gènes à risque modéré tels que ATM et CHEK2 signifient généralement un dépistage amélioré avec un risque ajusté en fonction des antécédents familiaux.

Les recommandations de gestion du rapport sont générales ; les décisions individuelles sont prises avec une équipe clinique de génétique ou d’oncologie.

Notes d'interprétation

Les classifications peuvent évoluer dans le temps. Les laboratoires peuvent reclasser une variante à mesure que de nouvelles preuves s'accumulent et rééditer le rapport, la date du rapport est donc importante.

Les découvertes secondaires ou fortuites dans les gènes sans rapport avec l'indication du test sont traitées conformément à la politique déclarée et au consentement du laboratoire.

Points clés à retenir

• ·Vérifiez quels gènes et quels types d'analyses ont été réellement effectués.
• ·Seuls les variants pathogènes et probablement pathogènes peuvent donner lieu à une action ; un VUS ne l’est pas.
• ·Un vrai négatif nécessite un variant familial connu contre lequel tester.
• ·Les implications en matière de gestion dépendent du gène spécifique et sont finalisées avec un spécialiste.