Limite de détection : le plus petit signal qu'un test moléculaire peut générer

Quelle est la limite de détection

La limite de détection est la quantité la plus faible d'une cible, généralement exprimée sous la forme d'une fraction d'allèle variant, que le test peut détecter avec une probabilité déclarée, généralement 95 pour cent, tout en maintenant les faux positifs à un niveau acceptablement bas.

Elle est établie lors de la validation en testant des séries de dilutions d'un matériau connu comme positif et constitue une propriété du test pour un type de variant et une quantité d'entrée donnés.

Ce qui le définit

Les facteurs clés sont la profondeur du séquençage (un plus grand nombre de lectures distinguent un véritable signal de bas niveau d'une erreur), le taux d'erreur de fond de la chimie et de la bioinformatique, la quantité et la qualité de l'ADN d'entrée et le type de variant.

Les mutations ponctuelles ont généralement les limites de détection les plus basses ; les insertions, les suppressions, les modifications du nombre de copies et les fusions sont plus difficiles et ont des limites plus élevées (pires).

Tissu vs Sang

Les panels de tissus tumoraux standard ont souvent des limites de détection autour de 2 à 5 pour cent de fraction d'allèle variant. Les tests spécialisés d’ADN tumoral circulant poussent bien plus bas, jusqu’à 0,1 pour cent ou moins, en utilisant la correction d’erreurs et en suivant ensemble de nombreuses variantes.

Les tests ultra-sensibles de maladies résiduelles atteignent leur sensibilité en partie en étant personnalisés en fonction d'un ensemble connu de mutations tumorales plutôt qu'en effectuant une recherche large.

Pourquoi il régit les résultats négatifs

Si une mutation est présente à 1 pour cent et que la limite de détection du test est de 5 pour cent, le test donnera un résultat négatif même si la mutation est présente. Le négatif est précis pour le test mais pas pour la tumeur.

C'est pourquoi une mutation cliniquement attendue qui n'est pas trouvée doit être reconsidérée à la lumière de la pureté de l'échantillon et de la limite de détection du test avant de conclure à une véritable absence.

Notes d'interprétation

Un rapport doit indiquer la limite de détection du test, idéalement par type de variant. Traitez un résultat négatif comme excluant la variante uniquement au-dessus de ce seuil.

Pour les échantillons à faible contenu tumoral ou les tests sanguins, la sensibilité effective pour un cas spécifique peut être pire que la limite globale de détection.

Points clés à retenir

• ·La limite de détection est la fraction variable la plus basse qu'un test appelle de manière fiable, définie lors de la validation.
• ·La profondeur, le taux d'erreur, la qualité d'entrée et le type de variante l'influencent tous.
• ·Les panneaux de tissus représentent environ 2 à 5 pour cent ; les tests spécialisés d’ADNct atteignent 0,1 pour cent ou moins.
• ·Un résultat négatif exclut uniquement le variant au-dessus de la limite de détection du test.