Pureté et séquençage de la tumeur : quantité de cancer présente dans l'échantillon

Pourquoi la pureté fixe un plafond de détection

Si seulement 20 pour cent des cellules d'un échantillon sont cancéreuses, une mutation hétérozygote présente dans chaque cellule cancéreuse apparaîtra dans environ 10 pour cent des lectures de séquençage, car la moitié des copies d'ADN tumoral la portent.

Si la limite de détection du test est d'environ 5 pour cent, cette mutation est toujours détectable ; si la pureté tombe à 10 pour cent, la même mutation tombe près ou en dessous du seuil de détection et peut être manquée.

Comment la pureté est estimée

Les pathologistes estiment la pureté visuellement sur une lame colorée, mais cela est approximatif et dépend de l'observateur. Les méthodes bioinformatiques déduisent la pureté des données de séquençage elles-mêmes, en utilisant les fractions alléliques de nombreuses variantes et les modèles de nombre de copies.

Les deux estimations ne concordent pas toujours, et les échantillons de faible pureté sont plus difficiles à analyser de manière fiable par l'une ou l'autre méthode.

Conséquences des différents résultats

Une faible pureté affecte principalement la détection des mutations sous-clonales, des modifications de faible niveau du nombre de copies et, en particulier, des délétions homozygotes, qui peuvent être masquées par le signal des cellules normales.

Les estimations de la charge mutationnelle tumorale et de l’instabilité des microsatellites sont également moins fiables à faible pureté car il y a moins de signaux tumoraux à mesurer.

Amélioration de l'échantillon

La macrodissection ou microdissection, où le pathologiste marque et le laboratoire gratte une zone riche en tumeur de la lame, augmente la pureté efficace. Choisir un bloc cellulaire plus important ou demander une nouvelle biopsie sont d’autres options.

Les laboratoires fixent généralement un seuil de pureté minimum en dessous duquel ils ne feront pas de rapport, ou le feront avec une mise en garde.

Notes d'interprétation

Un rapport doit indiquer le contenu tumoral estimé. Un résultat négatif provenant d’un échantillon de faible pureté constitue une faible preuve d’une véritable absence.

Si une mutation cliniquement attendue n'est pas trouvée et que la pureté est faible, des tests répétés sur un meilleur échantillon sont souvent justifiés avant de conclure que la tumeur est négative.

Points clés à retenir

• ·La pureté tumorale est la fraction de cellules cancéreuses dans un échantillon et limite la sensibilité de détection.
• ·Une faible pureté peut pousser les mutations réelles en dessous de la limite de détection du test.
• ·Les délétions homozygotes et les modifications sous-clonales sont les plus affectées.
• ·La macrodissection et la sélection d'échantillons peuvent augmenter la pureté effective.