Fraction allélique variable : ce que signifie le pourcentage sur un rapport

Le calcul de base

Si 1 000 lectures de séquençage couvrent une position et que 300 contiennent le variant, la fraction d'allèle variant est de 30 pour cent. Il s’agit d’une mesure directe à partir des données, distincte de la question biologique de savoir quelle fraction de cellules porte la mutation.

Pour un variant hétérozygote de lignée germinale dans un échantillon normal pur, la fraction attendue est d'environ 50 pour cent ; pour une variante homozygote, proche de 100 pour cent.

Qu'est-ce qui diminue un VAF somatique

Dans un échantillon de tumeur, une mutation hétérozygote clonale présente dans chaque cellule cancéreuse est diluée par des cellules normales. À une pureté tumorale de 40 pour cent, sa fraction est d’environ 20 pour cent. Une pureté inférieure la diminue encore davantage.

Une mutation sous-clonale, présente seulement dans certaines cellules cancéreuses, est encore plus faible. Ainsi, une faible fraction peut signifier une faible pureté, une sous-clonalité ou les deux, et celles-ci ont des implications différentes.

Qu'est-ce qui soulève ou déforme un VAF

Les modifications du nombre de copies décalent la fraction. Si l’allèle mutant est amplifié ou si l’allèle de type sauvage est supprimé (perte d’hétérozygotie), le variant peut approcher ou dépasser 50 pour cent même dans un échantillon impur. Ceci est courant pour les mutations suppresseurs de tumeurs telles que TP53.

Les biais d’amplification PCR et les artefacts de séquençage peuvent également fausser les fractions de bas niveau, ce qui explique en partie pourquoi les appels VAF très faibles nécessitent une confirmation orthogonale.

VAF dans les tests sanguins

Dans l'ADN tumoral circulant, la fraction reflète la quantité d'ADN tumoral excrétée dans le sang, qui varie considérablement. Un véritable conducteur peut apparaître bien en dessous de 1 pour cent.

Les analyses de sang peuvent également détecter des variantes de l'hématopoïèse clonale, une expansion liée à l'âge des clones de cellules sanguines, généralement dans des gènes tels que DNMT3A, TET2 et TP53, qui peuvent être confondus avec un signal tumoral.

Notes d'interprétation

Un VAF faible ne signifie pas automatiquement qu'une variante est sans importance ; une mutation de résistance sous-clonale à 2 pour cent peut encore expliquer l’échec du traitement.

Le VAF doit être lu conjointement avec la pureté de la tumeur, le numéro de copie local et la limite de détection du test, et non de manière isolée.

Points clés à retenir

• ·VAF est la fraction de lectures portant un variant, une mesure et non une quantité biologique.
• ·Une faible pureté tumorale et une sous-clonalité réduisent toutes deux un VAF somatique.
• ·Le gain du nombre de copies ou la perte d'hétérozygotie peut l'élever vers ou au-dessus de 50 pour cent.
• ·Dans le sang, un faible VAF est attendu et l'hématopoïèse clonale peut imiter des variantes tumorales.