Pengujian Fusi Gen: IKAN, Imunohistokimia, Urutan DNA dan RNA

Hibridisasi Fluoresensi In-Situ

IKAN yang dapat dipisahkan menggunakan dua probe berwarna yang mengapit sebuah gen. Jika gennya utuh, warnanya akan tumpang tindih; ketika diatur ulang mereka terpisah. Ini mendeteksi bahwa kerusakan telah terjadi tanpa mengidentifikasi pasangannya.

IKAN dapat melewatkan penataan ulang intrakromosom kecil di mana probe hampir tidak terpisah, dan memerlukan interpretasi sejumlah inti agar tidak terputus.

Imunohistokimia

Imunohistokimia mendeteksi ekspresi abnormal dari protein fusi, misalnya protein ALK yang biasanya tidak ada di jaringan paru-paru. Ini cepat, murah dan berfungsi pada sampel kecil, menjadikannya layar yang bagus.

Spesifisitas bervariasi berdasarkan target: tinggi untuk ALK namun lebih rendah untuk ROS1 dan NTRK, sehingga hasil positif untuk keduanya sering kali memerlukan konfirmasi.

Pengurutan Berbasis DNA

Pengurutan DNA generasi berikutnya dapat mendeteksi fusi jika mencakup wilayah titik putus intronik. Kesulitannya adalah bahwa breakpoint sering kali berada pada intron yang sangat besar atau berulang sehingga sulit untuk dipasangi probe, sehingga beberapa fusi terlewatkan.

Panel DNA bagus dalam mutasi titik dan nomor salinan, jadi pendekatan gabungan adalah hal yang umum.

Urutan Berbasis RNA

Pengurutan RNA membaca transkrip yang disambung, dengan sambungan fusi adalah batas ekson-ke-ekson tunggal yang bersih, terlepas dari di mana pun di intron terjadi pemutusan DNA. Hal ini membuatnya sangat cocok untuk mendeteksi fusi dan mengidentifikasi pasangan serta variannya.

Hal ini memerlukan RNA berkualitas baik, yang mungkin terbatas pada sampel yang lebih tua atau tidak terawetkan dengan baik, dan data pengujian profisiensi menunjukkan kinerja bervariasi antar laboratorium.

Catatan Interpretasi

Hasil fusi yang negatif harus dibaca berdasarkan metode yang digunakan: panel DNA dengan cakupan intronik terbatas, atau imunohistokimia saja, tidak mengecualikan fusi seyakin pengurutan RNA.

Ketika fusi yang dapat ditargetkan sangat diharapkan tetapi tidak ditemukan, pengujian dengan metode ortogonal adalah hal yang masuk akal.

Poin Penting

• ·FISH mendeteksi bahwa terjadi kerusakan tetapi tidak pada pasangannya; penataan ulang kecil bisa terlewatkan.
• ·Imunohistokimia merupakan pemeriksaan yang baik, dengan spesifisitas yang bervariasi berdasarkan target.
• ·Pengurutan DNA dapat melewatkan fusi dengan titik putus pada intron besar.
• ·Urutan RNA membaca sambungan fusi yang bersih dan sering kali merupakan metode konfirmasi yang disukai.