Pengujian Panel NGS vs Hotspot: Luas Versus Fokus

Pengujian Hotspot

Tes hotspot, seringkali berbasis PCR, menginterogasi daftar posisi mutasi berulang yang ditentukan, misalnya penghapusan EGFR ekson 19, L858R dan T790M, atau perubahan kodon 12 dan 13 KRAS. Mereka cepat, murah, sensitif pada input rendah dan bekerja pada sampel kecil.

Keterbatasan mereka adalah mereka hanya menemukan apa yang ada di daftar. Varian yang tidak biasa atau baru pada gen yang sama, atau fusi, tidak akan terdeteksi.

Panel NGS Luas

Panel besar mengurutkan wilayah pengkodean banyak gen dan dapat mendeteksi substitusi, penyisipan dan penghapusan, perubahan jumlah salinan, dan seringkali fusi dan biomarker kompleks seperti beban mutasi tumor dan ketidakstabilan mikrosatelit.

Mereka membutuhkan lebih banyak jaringan dan waktu serta biaya lebih banyak, namun satu pengujian dapat mencakup target saat ini dan yang sedang berkembang, mengurangi kemungkinan kelelahan jaringan akibat pengujian berurutan.

Masalah Hasil Negatif

Hasil hotspot negatif adalah hal biasa dan dapat menyesatkan. Misalnya, banyak penyisipan EGFR ekson 20 dan mutasi EGFR yang tidak umum terlewatkan dalam pengujian yang dirancang berdasarkan varian klasik.

Bila terdapat terapi yang ditargetkan untuk tipe mutasi yang tidak tercakup sepenuhnya dalam pengujian, hasil negatif harus dianggap tidak lengkap dan bukan definitif.

Memilih Pendekatan

Dalam situasi di mana hasil yang cepat mendorong keputusan yang mendesak, uji hotspot untuk perubahan yang paling dapat ditindaklanjuti diikuti dengan pengurutan refleks yang luas adalah kompromi yang umum.

Pedoman semakin merekomendasikan pengujian panel luas terlebih dahulu pada kanker seperti kanker paru-paru non-sel kecil stadium lanjut, yang masing-masing memiliki beberapa biomarker yang menyetujui obat-obatan.

Catatan Interpretasi

Sebuah laporan harus mencantumkan gen dan wilayah mana yang tercakup. Bacalah hasil negatif berdasarkan cakupan tersebut, bukan sebagai ketidakhadiran menyeluruh.

Jika tes terbatas awal memberikan hasil negatif dan kecurigaan klinis terhadap pengemudi tinggi, maka peningkatan ke tes yang lebih luas adalah hal yang tepat.

Poin Penting

• ·Pengujian hotspot cepat dan sensitif tetapi hanya mendeteksi varian yang tercantum.
• ·Panel NGS yang luas mencakup banyak jenis perubahan dan biomarker dalam satu pengujian.
• ·Hasil hotspot negatif dapat melewatkan penyisipan ekson 20, mutasi dan fusi yang tidak biasa.
• ·Pedoman semakin mendukung pengujian panel luas di awal ketika terdapat banyak target.