Kemurnian dan Urutan Tumor: Berapa Banyak Kanker dalam Sampel

Mengapa Kemurnian Menetapkan Batas Deteksi

Jika hanya 20 persen sel dalam sampel adalah kanker, mutasi heterozigot yang terdapat pada setiap sel kanker akan muncul pada sekitar 10 persen pembacaan sekuensing, karena separuh salinan DNA tumor membawanya.

Jika batas deteksi pengujian adalah sekitar 5 persen, mutasi tersebut masih dapat dideteksi; jika kemurnian turun hingga 10 persen, mutasi yang sama akan mendekati atau di bawah ambang batas deteksi dan dapat terlewatkan.

Bagaimana Kemurnian Diperkirakan

Ahli patologi memperkirakan kemurnian secara visual pada slide yang diwarnai, namun ini merupakan perkiraan dan bergantung pada pengamat. Metode bioinformatik menyimpulkan kemurnian dari data pengurutan itu sendiri, menggunakan fraksi alel dari banyak varian dan pola nomor salinan.

Kedua perkiraan tersebut tidak selalu sesuai, dan sampel dengan kemurnian rendah lebih sulit dianalisis secara andal menggunakan kedua metode tersebut.

Konsekuensi untuk Temuan Berbeda

Kemurnian rendah paling mempengaruhi deteksi mutasi subklonal, perubahan jumlah salinan tingkat rendah dan, terutama, penghapusan homozigot, yang dapat ditutupi oleh sinyal sel normal.

Perkiraan beban mutasi tumor dan ketidakstabilan mikrosatelit juga kurang dapat diandalkan pada kemurnian rendah karena sinyal tumor yang perlu diukur lebih sedikit.

Meningkatkan Sampel

Makrodiseksi atau mikrodiseksi, dimana ahli patologi menandai dan laboratorium mengikis area yang kaya akan tumor pada kaca objek, meningkatkan kemurnian yang efektif. Memilih blok yang lebih seluler, atau meminta biopsi baru, adalah pilihan lain.

Laboratorium biasanya menetapkan ambang batas kemurnian minimum yang di bawahnya mereka tidak akan melaporkan, atau akan melaporkan dengan peringatan.

Catatan Interpretasi

Sebuah laporan harus menyatakan perkiraan kandungan tumor. Hasil negatif dari sampel dengan kemurnian rendah adalah bukti lemah akan ketidakhadiran yang sebenarnya.

Jika mutasi yang diharapkan secara klinis tidak ditemukan dan kemurniannya rendah, pengujian berulang pada sampel yang lebih baik sering kali diperlukan sebelum menyimpulkan bahwa tumornya negatif.

Poin Penting

• ·Kemurnian tumor adalah fraksi sel kanker dalam spesimen dan membatasi sensitivitas deteksi.
• ·Kemurnian rendah dapat mendorong mutasi nyata di bawah batas deteksi pengujian.
• ·Penghapusan homozigot dan perubahan subklonal adalah yang paling terpengaruh.
• ·Makrodiseksi dan pemilihan sampel dapat meningkatkan kemurnian efektif.