Fraksi Alel Varian: Arti Persentase dalam Laporan

Perhitungan Dasar

Jika 1.000 pembacaan sekuensing mencakup suatu posisi dan 300 berisi varian, fraksi alel varian adalah 30 persen. Ini adalah pengukuran langsung dari data, berbeda dari pertanyaan biologis tentang fraksi sel mana yang membawa mutasi.

Untuk varian germline heterozigot dalam sampel normal murni, fraksi yang diharapkan adalah sekitar 50 persen; untuk varian homozigot, mendekati 100 persen.

Apa yang Menurunkan VAF Somatik

Dalam sampel tumor, mutasi heterozigot klonal yang terdapat pada setiap sel kanker diencerkan oleh sel normal. Pada kemurnian tumor 40 persen, fraksinya kira-kira 20 persen. Kemurnian yang lebih rendah akan menurunkannya lebih jauh.

Mutasi subklonal, yang hanya terdapat pada beberapa sel kanker, masih lebih rendah. Jadi fraksi yang rendah dapat berarti kemurnian yang rendah, subklonalitas, atau keduanya, dan ini mempunyai implikasi yang berbeda.

Apa yang Menaikkan atau Mendistorsi VAF

Perubahan nomor salinan menggeser pecahan. Jika alel mutan diperkuat, atau alel tipe liar dihilangkan (kehilangan heterozigositas), variannya dapat mendekati atau melebihi 50 persen bahkan dalam sampel yang tidak murni. Hal ini biasa terjadi pada mutasi penekan tumor seperti TP53.

Bias amplifikasi PCR dan artefak pengurutan juga dapat mendistorsi pecahan tingkat rendah, yang merupakan salah satu alasan panggilan VAF yang sangat rendah memerlukan konfirmasi ortogonal.

VAF dalam Pengujian Berbasis Darah

Dalam sirkulasi DNA tumor, fraksi mencerminkan berapa banyak DNA tumor yang dilepaskan ke dalam darah, yang sangat bervariasi. Seorang pendorong sejati bisa tampil di bawah 1 persen.

Tes darah juga dapat mendeteksi varian dari hematopoiesis klonal, perluasan klon sel darah terkait usia, biasanya pada gen seperti DNMT3A, TET2, dan TP53, yang dapat disalahartikan sebagai sinyal tumor.

Catatan Interpretasi

VAF yang rendah tidak secara otomatis berarti suatu varian tidak penting; mutasi resistensi subklonal sebesar 2 persen masih dapat menjelaskan kegagalan pengobatan.

VAF harus dibaca bersama dengan kemurnian tumor, nomor salinan lokal, dan batas deteksi pengujian, bukan secara terpisah.

Poin Penting

• ·VAF adalah pecahan pembacaan yang membawa suatu varian, suatu pengukuran, bukan besaran biologis.
• ·Kemurnian tumor yang rendah dan subklonalitas keduanya mengurangi VAF somatik.
• ·Keuntungan atau kerugian jumlah salinan heterozigositas dapat meningkatkannya menuju atau di atas 50 persen.
• ·Dalam darah, diperkirakan VAF rendah, dan hematopoiesis klonal dapat meniru varian tumor.