Секвенирование РНК и ДНК при раке: дополняют друг друга, а не взаимозаменяемы
Молекулярное профилирование опухоли может начинаться с ДНК или РНК. Это не два способа сделать одно и то же: секвенирование ДНК считывает геном, секвенирование РНК считывает, что экспрессируется и как сращиваются транскрипты. У каждого есть явные сильные стороны и слепые зоны.
Быстрый ответ
Молекулярное профилирование опухоли может начинаться с ДНК или РНК. Это не два способа сделать одно и то же: секвенирование ДНК считывает геном, секвенирование РНК считывает, что экспрессируется и как сращиваются транскрипты. У каждого есть явные сильные стороны и слепые зоны.
Что фиксирует секвенирование ДНК
Секвенирование ДНК выявляет точечные мутации, небольшие вставки и делеции, изменения числа копий и, при адекватном интронном покрытии, некоторые структурные перестройки. Он работает на основе стабильного генома, поэтому существует вариант независимо от того, экспрессируется ген или нет.
ДНК также более надежна в архивных тканях, фиксированных формалином, чем РНК, и для сравнения зародышевой линии требуется ДНК.
Что добавляет секвенирование РНК
Секвенирование РНК считывает транскрипты, поэтому оно напрямую показывает слияние генов в местах их сплайсинга, изменения сплайсинга, такие как пропуск экзона 14 MET, и уровни экспрессии.
Поскольку РНК отражает функциональные последствия, она может подтвердить, что вариант ДНК с неопределенным эффектом действительно изменяет сплайсинг, и она может выявить слияния, которые пропустила панель ДНК.
Где каждый терпит неудачу
Панели ДНК могут пропускать слияния с точками разрыва в крупных интронах и не могут подтвердить эффект сплайсинга. Секвенирование РНК не может обнаружить мутацию в невыраженном гене, более чувствительно к качеству образца и менее достоверно для количества копий и мутационной нагрузки опухоли.
Ни один из них не заменяет тестирование зародышевой линии, которое представляет собой отдельный анализ нормальной ткани на основе ДНК.
Запуск обоих
Многие комплексные анализы профилирования теперь объединяют панель ДНК с панелью слияния РНК, используя ДНК для мутаций и количества копий, а РНК для слияний и событий сплайсинга.
Данные проверки квалификации показывают, что эффективность обнаружения слияния РНК различается в разных лабораториях, поэтому метод и валидация по-прежнему имеют значение даже в рамках комбинированного анализа.
Примечания по интерпретации
Если отчет содержит только ДНК и клинически ожидается, но отсутствует фактор слияния, разумным следующим шагом является тестирование РНК.
Открытие, связанное со сплайсингом, такое как пропуск экзона 14 MET, наиболее уверенно устанавливается, когда данные РНК подтверждают это.
Ключевые выводы
- ·Секвенирование ДНК считывает геном: мутации, число копий, некоторые реаранжировки, сравнение зародышевых линий.
- ·Секвенирование РНК считывает транскрипты: слияния в месте соединения, изменения сплайсинга, экспрессию.
- ·ДНК может пропускать глубокие интронные слияния; РНК может пропускать варианты неэкспрессируемых генов и нуждается в хорошей РНК.
- ·Комплексные анализы все чаще сочетают панель ДНК с панелью слияния РНК.
Поместите эти гены в контекст пути.
Часто задаваемые вопросы
Какова ключевая идея секвенирования РНК и ДНК при раке: дополняют друг друга, а не взаимозаменяемы?
Молекулярное профилирование опухоли может начинаться с ДНК или РНК. Это не два способа сделать одно и то же: секвенирование ДНК считывает геном, секвенирование РНК считывает, что экспрессируется и как сращиваются транскрипты. У каждого есть явные сильные стороны и слепые зоны.
Что следует сохранить вместе с результатом или механизмом?
Секвенирование РНК считывает транскрипты: слияния в месте соединения, изменения сплайсинга, экспрессию. ДНК может пропускать глубокие интронные слияния; РНК может пропускать варианты неэкспрессируемых генов и нуждается в хорошей РНК. Комплексные анализы все чаще сочетают панель ДНК с панелью слияния РНК.
Ссылки
- 1Секвенирование РНК для обнаружения слитых генов солидных опухолей: практика и эффективность проверки квалификации. Архивы патологии и лабораторной медицины, 2024. PubMed
- 2Рекомендации по валидации онкологических панелей следующего поколения на основе секвенирования. Журнал молекулярной диагностики, 2017. PubMed
- 3Обновленное руководство по молекулярному тестированию для отбора пациентов с раком легких для лечения таргетными ингибиторами тирозинкиназы. Архивы патологии и лабораторной медицины, 2018. PubMed
- 4Панели соматических мутаций: время очистить свои имена. Генетика рака, 2019. PubMed
Продолжить чтение
Тестирование слияния генов: FISH, иммуногистохимия, секвенирование ДНК и РНК
3 минуты чтения
Валидация анализа биомаркеров: почему важен результат теста
3 минуты чтения
Пропуск экзона 14 MET: изменение сплайсинга, которое активирует MET
3 минуты чтения
Интерпретация изменений количества копий: усиление, усиление, потеря и удаление
3 минуты чтения
Подтверждение результатов секвенирования: когда необходимо ортогональное тестирование
3 минуты чтения
EGFR C797S: что означает это изменение сопротивления
2 минуты чтения
Выберите следующий шаг исследования
Перейдите от этого объяснения к профилю генов, карте путей или следующему обновлению данных.
EGFR имеет 1000+ клинические испытания, которые в настоящее время набираются на ClinicalTrials.gov. Дайджест GeneAnalyses суммирует новые и измененные каждый день.