Интерпретация изменений количества копий: усиление, усиление, потеря и удаление

Словарь

Нормальный диплоидный геном имеет две копии каждого аутосомного гена. Амплификация обычно означает множество дополнительных копий (часто определяемых как шесть или более), сосредоточенных в небольшой области, и обычно приводит к сильной гиперэкспрессии, как в случае с HER2 или MYC.

Прирост означает скромное увеличение (три или четыре копии), часто в большом регионе и имеющее менее определенное значение. Гетерозиготная потеря - одна оставшаяся копия; гомозиготная или биаллельная делеция — это потеря обеих копий, которая полностью удаляет такой ген, как CDKN2A.

Пороги устанавливаются лабораторией

Не существует универсального ограничения количества копий. Одна лаборатория может назначить амплификацию на шестой копии, другая на восьмой, и на расчет влияет эталонная плоидность, предполагаемая для опухоли.

Это означает, что вызов амплификации из одного отчета не может быть напрямую сопоставлен с другим без знания порогового значения и метода.

Искажение чистоты и плоидности

Низкая чистота опухоли сжимает сигналы числа копий до нормального, поэтому реальные амплификации выглядят меньшими, а гомозиготные делеции могут быть полностью пропущены, замаскированные двумя нормальными копиями, внесенными неопухолевыми клетками.

Удвоение всего генома, часто встречающееся при поздних стадиях рака, повышает базовую плоидность, поэтому то, что выглядит как прирост, может быть почти нормальным для этой опухоли, а истинные потери все равно могут оставить две копии.

Фокальный против широкого и потеря гетерозиготности

Фокальная амплификация, сосредоточенная на одном гене, с большей вероятностью будет движущей силой, чем широкое увеличение целого плеча хромосомы, охватывающее множество генов.

Копически-нейтральная потеря гетерозиготности, когда одна родительская копия потеряна, а другая дублируется, сохраняет общее количество на уровне двух, но удаляет генетическое разнообразие и может демаскировать рецессивную мутацию. Это невидимо для анализа количества копий, который подсчитывает только общее количество копий.

Примечания по интерпретации

Результат по количеству копий следует считывать с учетом лабораторного порога, предполагаемой чистоты и того, является ли изменение очаговым или обширным.

Для клинически важных вызовов, таких как амплификация HER2 или MET или делеция CDKN2A, часто используется ортогональное подтверждение (например, флуоресцентная гибридизация in-situ).

Ключевые выводы

• ·Усиление (много фокусных копий) отличается от усиления (скромное, часто широкое увеличение).
• ·Гомозиготная делеция полностью удаляет ген; гетерозиготная потеря оставляет одну копию.
• ·Пороги, чистота опухоли и удвоение целого генома — все это искажает призыв.
• ·Очаговые изменения и копировально-нейтральная потеря гетерозиготности имеют особое значение.