Секвенирование всего экзома или полногеномное секвенирование: что включает в себя каждое из них

Что показывает секвенирование экзома

При секвенировании всего экзома используются зонды захвата для обогащения экзонов, кодирующих белок, перед секвенированием. Поскольку он нацелен на небольшую часть генома, он может обеспечить глубокий охват кодирующих регионов при умеренных затратах.

Он надежно обнаруживает мутации кодирующих точек, а также небольшие вставки и делеции и дает полногеномное представление о нагрузке кодирующих мутаций, но его захват неравномерен и плохо охватывает некодирующие и структурные вариации.

Что добавляет секвенирование генома

Полногеномное секвенирование не имеет этапа захвата, поэтому покрытие является более равномерным и включает интроны, промоторы, регуляторные области и пространство между генами.

Это делает его лучшим для структурных перестроек, глубоких интронных вариантов, которые влияют на сплайсинг, митохондриальную ДНК и анализ сигнатур мутаций. Он генерирует гораздо больше данных, а его эксплуатация и хранение обходятся дороже.

Применение при раке

В исследованиях опухолей используются оба метода; клинически доминируют целевые панели, поскольку они дешевле, быстрее и легче интерпретируются. Полногеномное секвенирование используется в некоторых национальных программах и при опухолях, когда панели неинформативны.

Мутационная нагрузка опухоли определяется на основе данных всего экзома в исходной форме, а оценки на основе панели калибруются по ним, что актуально при сравнении значений разных анализов.

Применение при наследственных заболеваниях

Для редких наследственных заболеваний полноэкзомное секвенирование дает надежный диагностический результат, а полногеномное секвенирование добавляет дополнительные диагнозы путем выявления структурных и некодирующих вариантов, которые экзом пропускает.

Оба поднимают вопрос о вторичных результатах в генах, не связанных с причиной тестирования, с которыми лаборатории обращаются в соответствии с согласием и политикой.

Примечания по интерпретации

Ни один из подходов не гарантирует полного охвата; В захвате экзома есть пробелы, и даже при секвенировании генома возникают проблемы с очень повторяющимися областями.

В отчете должен быть указан метод и средний охват, а отрицательный результат ограничивается тем, что на самом деле было хорошо секвенировано.

Ключевые выводы

• ·Секвенирование экзома глубоко охватывает кодирующие области с меньшими затратами, но пропускает некодирующие и структурные вариации.
• ·Секвенирование генома имеет равномерный охват и фиксирует структурные, интронные и регуляторные варианты.
• ·При клиническом тестировании рака в основном используются целевые панели; секвенирование генома используется в конкретных программах.
• ·Мутационная нагрузка опухоли привязана к данным экзома, что влияет на сравнение перекрестных анализов.