Панели NGS против тестирования горячих точек: широта и фокус

Анализы горячих точек

Тесты горячих точек, часто на основе ПЦР, проверяют определенный список положений повторяющихся мутаций, например, делеции экзона 19 EGFR, L858R и T790M или изменения кодонов 12 и 13 KRAS. Они быстрые, дешевые, чувствительные при малом входе и работают с небольшими выборками.

Их ограничение состоит в том, что они находят только то, что есть в списке. Необычный или новый вариант того же гена или его слияние не будут обнаружены.

Широкие панели NGS

Большие панели секвенируют кодирующие области многих генов и могут обнаруживать замены, вставки и делеции, изменения числа копий, а часто и слияния, а также сложные биомаркеры, такие как мутационная нагрузка опухоли и микросателлитная нестабильность.

Им нужно больше тканей и времени, и они стоят дороже, но один тест может охватить текущие и новые цели, уменьшая вероятность истощения тканей в результате последовательного тестирования.

The Negative-Result Problem

Отрицательный результат «горячей точки» является обычным явлением и может вводить в заблуждение. Например, многие вставки экзона 20 EGFR и необычные мутации EGFR не учитываются анализами, разработанными на основе классических вариантов.

Когда существует таргетная терапия для типа мутации, который анализ не полностью охватывает, отрицательный результат следует рассматривать как неполный, а не окончательный.

Выбор подхода

В условиях, когда быстрые результаты приводят к принятию срочных решений, тест на горячую точку для выявления наиболее действенных изменений с последующим рефлекторным определением широкой последовательности является распространенным компромиссом.

Руководящие принципы все чаще рекомендуют проводить широкомасштабное предварительное тестирование при раке, таком как запущенный немелкоклеточный рак легкого, где по множеству биомаркеров каждый имеет одобренные лекарства.

Примечания по интерпретации

В отчете должно быть указано, какие гены и регионы были охвачены. Считайте отрицательный результат по этому объему, а не полное отсутствие.

Если первоначальный ограниченный тест отрицательный и клинические подозрения в отношении водителя высоки, целесообразно перейти к более широкому анализу.

Ключевые выводы

• ·Анализы «горячих точек» являются быстрыми и чувствительными, но обнаруживают только перечисленные варианты.
• ·Широкие панели NGS охватывают множество типов изменений и биомаркеров в одном тесте.
• ·Отрицательный результат «горячей точки» может пропустить вставки экзона 20, необычные мутации и слияния.
• ·В руководящих принципах все чаще отдается предпочтение широкому групповому тестированию, когда существует несколько целей.