Interpretando Mudanças de Número de Cópia: Amplificação, Ganho, Perda e Exclusão

O Vocabulário

Um genoma diplóide normal possui duas cópias de cada gene autossômico. Amplificação geralmente significa muitas cópias extras (geralmente definidas como seis ou mais) focadas em uma região pequena e normalmente leva a uma forte superexpressão, como acontece com HER2 ou MYC.

Ganho significa um aumento modesto (três ou quatro cópias), muitas vezes em uma grande região e de significância menos certa. A perda heterozigótica é uma cópia restante; a deleção homozigótica ou bialélica é a perda de ambas as cópias, o que remove completamente um gene como o CDKN2A.

Os limites são definidos pelo laboratório

Não há limite universal de número de cópias. Um laboratório pode solicitar amplificação na cópia número seis, outro na cópia oito, e a ploidia de referência assumida para o tumor afeta o cálculo.

Isto significa que uma chamada de amplificação de um relatório não é diretamente comparável a outro sem conhecer o limite e o método.

Pureza e Distorção de Ploidia

A baixa pureza do tumor comprime os sinais do número de cópias em direção ao normal, de modo que as amplificações reais parecem menores e as deleções homozigóticas podem ser totalmente perdidas, mascaradas pelas duas cópias normais contribuídas pelas células não tumorais.

A duplicação do genoma completo, comum em cânceres avançados, aumenta a ploidia basal, então o que parece ser um ganho pode ser quase normal para esse tumor, e as perdas verdadeiras ainda podem deixar duas cópias.

Focal vs Amplo e Perda de Heterozigosidade

Uma amplificação focal fortemente centrada em um gene tem mais probabilidade de ser um impulsionador do que um amplo ganho de um braço cromossômico inteiro que varre muitos genes.

A perda de heterozigosidade com cópia neutra, onde uma cópia parental é perdida e a outra duplicada, mantém o total em dois, mas remove a diversidade genética e pode desmascarar uma mutação recessiva. É invisível para a análise do número de cópias que conta apenas o total de cópias.

Notas de Interpretação

Um resultado de número de cópias deve ser lido com o limite do laboratório, a pureza estimada e se a mudança é focal ou ampla.

Para chamadas clinicamente importantes, como amplificação de HER2 ou MET ou deleção de CDKN2A, a confirmação ortogonal (por exemplo, hibridização in-situ por fluorescência) é frequentemente usada.

Principais conclusões

• ·A amplificação (muitas cópias focais) difere do ganho (um aumento modesto, muitas vezes amplo).
• ·A deleção homozigótica remove um gene inteiramente; a perda heterozigótica deixa uma cópia.
• ·Limiares, pureza do tumor e duplicação do genoma completo distorcem a chamada.
• ·Mudanças focais e perda de cópia neutra de heterozigosidade carregam um significado específico.