Sequenciamento de RNA vs DNA em Câncer: Complementar, Não Intercambiável

O que o sequenciamento de DNA captura

O sequenciamento de DNA detecta mutações pontuais, pequenas inserções e deleções, alterações no número de cópias e, com cobertura intrônica adequada, alguns rearranjos estruturais. Funciona a partir do genoma estável, portanto, uma variante está presente, independentemente de o gene ser expresso ou não.

O DNA também é mais robusto em tecido fixado em formalina de arquivo do que o RNA, e a comparação da linha germinativa requer DNA.

O que o sequenciamento de RNA adiciona

O sequenciamento de RNA lê transcritos, de modo que mostra diretamente fusões de genes em sua junção de splicing, alterações de splicing, como salto do exon 14 de MET e níveis de expressão.

Como captura a consequência funcional, o RNA pode confirmar que uma variante de DNA de efeito incerto realmente altera o splicing e pode capturar fusões que um painel de DNA perdeu.

Onde cada um fica aquém

Painéis de DNA podem perder fusões com pontos de quebra em íntrons grandes e não podem confirmar um efeito de splicing. O sequenciamento de RNA não consegue detectar uma mutação em um gene que não é expresso, é mais sensível à qualidade da amostra e é menos estabelecido quanto ao número de cópias e à carga mutacional tumoral.

Nenhum dos dois substitui o teste de linha germinativa, que é uma análise separada baseada em DNA em tecido normal.

Executando Ambos

Muitos ensaios de perfil abrangentes agora combinam um painel de DNA com um painel de fusão de RNA, usando DNA para mutações e número de cópias e RNA para fusões e eventos de splicing.

Os dados de testes de proficiência mostram que o desempenho da detecção de fusão de RNA varia entre os laboratórios, portanto o método e a validação ainda são importantes mesmo dentro de um ensaio combinado.

Notas de Interpretação

Se um relatório for apenas de DNA e um driver de fusão for clinicamente esperado, mas ausente, o teste de RNA é um próximo passo razoável.

Uma descoberta relacionada ao splicing, como o salto do exon 14 do MET, é estabelecida com mais segurança quando a evidência de RNA a apoia.

Principais conclusões

• ·O sequenciamento de DNA lê o genoma: mutações, número de cópias, alguns rearranjos, comparação de linha germinativa.
• ·O sequenciamento de RNA lê transcrições: fusões na junção, alterações de splicing, expressão.
• ·O DNA pode perder fusões intrônicas profundas; O RNA pode perder variantes em genes não expressos e precisa de um bom RNA.
• ·Ensaios abrangentes emparelham cada vez mais um painel de DNA com um painel de fusão de RNA.