Sequenciamento do Exoma Completo vs. Sequenciamento do Genoma Completo: O que cada um cobre

O que o sequenciamento do exoma lê

O sequenciamento de exoma completo usa sondas de captura para enriquecer os éxons codificadores de proteínas antes do sequenciamento. Por ter como alvo uma pequena fração do genoma, pode alcançar uma cobertura profunda de regiões codificantes a um custo moderado.

Ele detecta de forma confiável mutações de ponto de codificação e pequenas inserções e deleções, e fornece uma visão de todo o genoma da carga de mutação de codificação, mas sua captura é desigual e cobre mal a variação não-codificante e estrutural.

O que o sequenciamento do genoma adiciona

O sequenciamento do genoma completo não tem etapa de captura, portanto a cobertura é mais uniforme e inclui íntrons, promotores, regiões reguladoras e o espaço entre os genes.

Isso o torna melhor para rearranjos estruturais, variantes intrônicas profundas que afetam o splicing, DNA mitocondrial e análise de assinatura mutacional. Ele gera muito mais dados e custa mais para operar e armazenar.

Uso em Câncer

Os estudos de pesquisa de tumores utilizam ambos; clinicamente, os painéis direcionados dominam porque são mais baratos, mais rápidos e mais fáceis de interpretar. O sequenciamento do genoma completo é usado em alguns programas nacionais e para tumores onde os painéis não são informativos.

A carga mutacional do tumor é definida a partir de dados do exoma completo em sua forma original, e as estimativas baseadas em painel são calibradas em relação a ela, o que é relevante ao comparar valores entre ensaios.

Uso em Doença Herdada

Para condições hereditárias raras, o sequenciamento do exoma completo tem um rendimento diagnóstico sólido, e o sequenciamento do genoma completo adiciona diagnósticos incrementais ao capturar variantes estruturais e não codificantes que o exoma perde.

Ambos levantam a questão de descobertas secundárias em genes não relacionados ao motivo do teste, que os laboratórios tratam de acordo com o consentimento e a política.

Notas de Interpretação

Nenhuma das abordagens garante cobertura completa; a captura do exoma apresenta lacunas e até mesmo o sequenciamento do genoma enfrenta dificuldades com regiões altamente repetitivas.

O relatório deve indicar o método e a cobertura média, e um resultado negativo é limitado pelo que foi realmente bem sequenciado.

Principais conclusões

• ·O sequenciamento do exoma cobre profundamente as regiões de codificação a um custo mais baixo, mas perde a não codificação e a variação estrutural.
• ·O sequenciamento do genoma tem cobertura uniforme e captura variantes estruturais, intrônicas e regulatórias.
• ·Os testes clínicos de câncer utilizam principalmente painéis direcionados; o sequenciamento do genoma é usado em programas específicos.
• ·A carga mutacional do tumor está ancorada nos dados do exoma, afetando a comparação de ensaios cruzados.