Painéis NGS vs Teste de Hotspot: Amplitude versus Foco

Ensaios de Ponto Quente

Os testes de hotspot, muitas vezes baseados em PCR, interrogam uma lista definida de posições de mutação recorrentes, por exemplo, deleções do éxon 19 de EGFR, L858R e T790M, ou alterações de códon 12 e 13 de KRAS. Eles são rápidos, baratos, sensíveis com baixa entrada e funcionam em amostras pequenas.

Sua limitação é que eles só encontram o que está na lista. Uma variante incomum ou nova no mesmo gene, ou uma fusão, não será detectada.

Painéis NGS amplos

Painéis grandes sequenciam as regiões de codificação de muitos genes e podem detectar substituições, inserções e deleções, alterações no número de cópias e, muitas vezes, fusões e biomarcadores complexos, como carga mutacional tumoral e instabilidade de microssatélites.

Eles precisam de mais tecido e tempo e custam mais, mas um único teste pode cobrir alvos atuais e emergentes, reduzindo a chance de exaustão do tecido em testes sequenciais.

O problema do resultado negativo

Um resultado de hotspot negativo é comum e pode ser enganoso. Por exemplo, muitas inserções do exão 20 do EGFR e mutações incomuns do EGFR são ignoradas pelos ensaios concebidos em torno das variantes clássicas.

Quando existe uma terapia direcionada para um tipo de mutação que o ensaio não cobre totalmente, um resultado negativo deve ser tratado como incompleto em vez de definitivo.

Escolhendo uma abordagem

Em ambientes onde resultados rápidos levam a decisões urgentes, um teste de hotspot para as alterações mais acionáveis ​​seguido por um amplo sequenciamento reflexo é um compromisso comum.

As diretrizes recomendam cada vez mais testes de painel amplo antecipadamente em cânceres, como câncer de pulmão de células não pequenas avançado, onde vários biomarcadores têm medicamentos aprovados.

Notas de Interpretação

Um relatório deverá listar quais genes e regiões foram cobertos. Leia um resultado negativo nesse escopo, não como uma ausência geral.

Se um teste inicial limitado for negativo e a suspeita clínica de um motorista for alta, é apropriado escalar para um ensaio mais amplo.

Principais conclusões

• ·Os ensaios de hotspot são rápidos e sensíveis, mas detectam apenas variantes listadas.
• ·Painéis NGS amplos cobrem muitos tipos de alteração e biomarcadores em um teste.
• ·Um resultado de hotspot negativo pode perder inserções do éxon 20, mutações e fusões incomuns.
• ·As diretrizes favorecem cada vez mais testes de painel amplo antecipadamente onde existem múltiplos alvos.