Limite de detecção: o menor sinal que um ensaio molecular pode chamar

Qual é o limite de detecção

O limite de detecção é a menor quantidade de um alvo, geralmente expressa como uma fração de alelo variante, que o ensaio pode detectar com uma probabilidade declarada, geralmente 95 por cento, enquanto mantém os falsos positivos aceitavelmente baixos.

É estabelecido durante a validação testando séries de diluições de material positivo conhecido e é uma propriedade do ensaio para um determinado tipo de variante e quantidade de entrada.

O que o define

Os principais fatores são a profundidade de sequenciamento (mais leituras distinguem um verdadeiro sinal de baixo nível do erro), a taxa de erro de fundo da química e da bioinformática, a quantidade e a qualidade do DNA de entrada e o tipo de variante.

Mutações pontuais geralmente têm os limites mais baixos de detecção; inserções, exclusões, alterações no número de cópias e fusões são mais difíceis e têm limites mais altos (piores).

Tecido vs Sangue

Painéis de tecido tumoral padrão geralmente têm limites de detecção em torno de 2 a 5 por cento da fração alélica variante. Ensaios especializados de DNA tumoral circulante diminuem muito, para 0,1% ou menos, usando correção de erros e rastreando muitas variantes juntas.

Ensaios de doença residual ultrassensíveis alcançam sua sensibilidade em parte por serem personalizados para um conjunto conhecido de mutações tumorais, em vez de pesquisarem amplamente.

Por que governa resultados negativos

Se uma mutação estiver presente em 1 por cento e o limite de detecção do ensaio for de 5 por cento, o ensaio reportará negativo mesmo que a mutação esteja lá. O negativo é preciso para o ensaio, mas não para o tumor.

É por isso que uma mutação clinicamente esperada que não é encontrada deve ser reconsiderada à luz da pureza da amostra e do limite de detecção do ensaio antes de concluir a verdadeira ausência.

Notas de Interpretação

Um relatório deve indicar o limite de detecção do ensaio, idealmente por tipo de variante. Trate um resultado negativo como uma exclusão da variante apenas acima desse limite.

Para amostras com baixo teor de tumor ou testes baseados em sangue, a sensibilidade efetiva para um caso específico pode ser pior do que o limite de detecção principal.

Principais conclusões

• ·O limite de detecção é a fração de variante mais baixa que um ensaio chama de forma confiável, definido durante a validação.
• ·Profundidade, taxa de erro, qualidade de entrada e tipo de variante influenciam isso.
• ·Os painéis de tecido ficam em torno de 2 a 5 por cento; ensaios especializados de ctDNA atingem 0,1% ou menos.
• ·Um resultado negativo exclui apenas a variante acima do limite de detecção do ensaio.