Pureza e Sequenciamento do Tumor: Quanto Câncer Existe na Amostra

Por que a pureza define um teto de detecção

Se apenas 20 por cento das células em uma amostra forem cancerígenas, uma mutação heterozigótica presente em cada célula cancerígena aparecerá em aproximadamente 10 por cento das leituras de sequenciamento, porque metade das cópias de DNA do tumor a carregam.

Se o limite de detecção do ensaio for de cerca de 5 por cento, essa mutação ainda é detectável; se a pureza cair para 10%, a mesma mutação fica próxima ou abaixo do limite de detecção e pode ser perdida.

Como a pureza é estimada

Os patologistas estimam a pureza visualmente em uma lâmina corada, mas isso é aproximado e dependente do observador. Os métodos bioinformáticos inferem a pureza a partir dos próprios dados de sequenciamento, usando as frações alélicas de muitas variantes e padrões de número de cópias.

As duas estimativas nem sempre concordam, e amostras de baixa pureza são mais difíceis de analisar de forma confiável por qualquer método.

Consequências para diferentes descobertas

A baixa pureza afeta mais a detecção de mutações subclonais, alterações de baixo nível no número de cópias e, especialmente, deleções homozigóticas, que podem ser mascaradas pelo sinal de células normais.

A carga mutacional tumoral e as estimativas de instabilidade de microssatélites também são menos confiáveis ​​em baixa pureza porque há menos sinal tumoral para medir.

Melhorando a Amostra

Macrodissecção ou microdissecção, onde o patologista marca e o laboratório raspa uma área rica em tumor da lâmina, aumenta a pureza efetiva. Escolher um bloco mais celular ou solicitar uma nova biópsia são outras opções.

Os laboratórios geralmente estabelecem um limite mínimo de pureza abaixo do qual não reportarão, ou reportarão com uma ressalva.

Notas de Interpretação

Um relatório deve indicar o conteúdo tumoral estimado. Um resultado negativo de uma amostra de baixa pureza é uma evidência fraca de ausência verdadeira.

Se uma mutação clinicamente esperada não for encontrada e a pureza for baixa, muitas vezes é necessário repetir o teste em uma amostra melhor antes de concluir que o tumor é negativo.

Principais conclusões

• ·A pureza do tumor é a fração de células cancerígenas em uma amostra e limita a sensibilidade de detecção.
• ·A baixa pureza pode empurrar mutações reais abaixo do limite de detecção do ensaio.
• ·Deleções homozigóticas e alterações subclonais são as mais afetadas.
• ·A macrodissecção e a seleção de amostras podem aumentar a pureza efetiva.