Límite de detección: la señal más pequeña que puede generar un ensayo molecular

¿Cuál es el límite de detección?

El límite de detección es la cantidad más baja de una diana, generalmente expresada como una fracción de alelo variante, que el ensayo puede detectar con una probabilidad establecida, comúnmente 95 por ciento, mientras mantiene los falsos positivos aceptablemente bajos.

Se establece durante la validación probando series de diluciones de material positivo conocido y es una propiedad del ensayo para un tipo de variante y una cantidad de entrada determinados.

Qué lo establece

Los factores clave son la profundidad de secuenciación (más lecturas distinguen una señal verdadera de bajo nivel de un error), la tasa de error de fondo de la química y la bioinformática, la cantidad y calidad del ADN de entrada y el tipo de variante.

Las mutaciones puntuales generalmente tienen los límites de detección más bajos; las inserciones, eliminaciones, cambios en el número de copias y fusiones son más difíciles y tienen límites más altos (peores).

Tejido vs Sangre

Los paneles de tejido tumoral estándar a menudo tienen límites de detección de alrededor del 2 al 5 por ciento de la fracción de alelo variante. Los ensayos especializados de ADN tumoral circulante empujan mucho más bajo, al 0,1 por ciento o menos, utilizando la corrección de errores y rastreando muchas variantes juntas.

Los ensayos de enfermedades residuales ultrasensibles logran su sensibilidad en parte al estar personalizados para un conjunto conocido de mutaciones tumorales en lugar de realizar una búsqueda amplia.

Por qué rige los resultados negativos

Si una mutación está presente al 1 por ciento y el límite de detección del ensayo es del 5 por ciento, el ensayo informará negativo aunque la mutación esté allí. El negativo es exacto para el ensayo pero no para el tumor.

Esta es la razón por la que una mutación clínicamente esperada que no se encuentra debe reconsiderarse a la luz de la pureza de la muestra y el límite de detección del ensayo antes de concluir una ausencia verdadera.

Notas de interpretación

Un informe debe indicar el límite de detección del ensayo, idealmente por tipo de variante. Trate un resultado negativo como si descartara la variante solo por encima de ese umbral.

Para muestras con bajo contenido de tumor o pruebas de sangre, la sensibilidad efectiva para un caso específico puede ser peor que el límite de detección general.

Conclusiones clave

• ·El límite de detección es la fracción variante más baja que un ensayo llama de manera confiable, establecida durante la validación.
• ·La profundidad, la tasa de error, la calidad de la entrada y el tipo de variante influyen en ello.
• ·Los paneles de tejido se sitúan alrededor del 2 al 5 por ciento; Los ensayos especializados de ctDNA alcanzan el 0,1 por ciento o menos.
• ·Un resultado negativo solo excluye la variante por encima del límite de detección del ensayo.