Pureza y secuenciación del tumor: cuánto cáncer hay en la muestra

Por qué la pureza establece un techo de detección

Si solo el 20 por ciento de las células en una muestra son cancerosas, una mutación heterocigótica presente en cada célula cancerosa aparecerá en aproximadamente el 10 por ciento de las lecturas de secuenciación, porque la mitad de las copias de ADN del tumor la portan.

Si el límite de detección del ensayo es de alrededor del 5 por ciento, esa mutación aún es detectable; si la pureza cae al 10 por ciento, la misma mutación cae cerca o por debajo del umbral de detección y puede pasar desapercibida.

Cómo se estima la pureza

Los patólogos estiman la pureza visualmente en un portaobjetos teñido, pero esto es aproximado y depende del observador. Los métodos bioinformáticos infieren la pureza a partir de los propios datos de secuenciación, utilizando las fracciones alélicas de muchas variantes y patrones de número de copias.

Las dos estimaciones no siempre coinciden y las muestras de baja pureza son más difíciles de analizar de forma fiable mediante cualquiera de los métodos.

Consecuencias de diferentes hallazgos

La baja pureza afecta más a la detección de mutaciones subclonales, cambios de bajo nivel en el número de copias y, especialmente, deleciones homocigotas, que pueden enmascararse por la señal de la célula normal.

Las estimaciones de la carga mutacional del tumor y la inestabilidad de los microsatélites también son menos fiables con baja pureza porque hay menos señal tumoral para medir.

Mejora de la muestra

La macrodisección o microdisección, en la que el patólogo marca y el laboratorio raspa un área del portaobjetos rica en tumores, aumenta la pureza efectiva. Elegir un bloqueo más celular, o solicitar una biopsia en fresco, son otras opciones.

Los laboratorios normalmente establecen un umbral mínimo de pureza por debajo del cual no informarán, o lo harán con una advertencia.

Notas de interpretación

Un informe debe indicar el contenido estimado del tumor. Un resultado negativo de una muestra de baja pureza es una evidencia débil de una ausencia verdadera.

Si no se encuentra una mutación clínicamente esperada y la pureza es baja, a menudo se justifica repetir la prueba en una muestra mejor antes de concluir que el tumor es negativo.

Conclusiones clave

• ·La pureza del tumor es la fracción de células cancerosas en una muestra y limita la sensibilidad de detección.
• ·La baja pureza puede empujar las mutaciones reales por debajo del límite de detección del ensayo.
• ·Las deleciones homocigotas y los cambios subclonales son los más afectados.
• ·La macrodisección y la selección de muestras pueden aumentar la pureza efectiva.