Fracción de alelo variante: qué significa el porcentaje en un informe

El cálculo básico

Si 1000 lecturas de secuenciación cubren una posición y 300 contienen la variante, la fracción del alelo variante es del 30 por ciento. Es una medición directa de los datos, distinta de la cuestión biológica de qué fracción de células portan la mutación.

Para una variante heterocigótica de la línea germinal en una muestra normal pura, la fracción esperada es aproximadamente el 50 por ciento; para una variante homocigota, cerca del 100 por ciento.

Qué reduce una VAF somática

En una muestra de tumor, una mutación clonal heterocigótica presente en cada célula cancerosa se diluye con células normales. Con una pureza del tumor del 40 por ciento, su fracción es aproximadamente del 20 por ciento. Una menor pureza lo reduce aún más.

Una mutación subclonal, presente sólo en algunas células cancerosas, es aún más baja. Por lo tanto, una fracción baja puede significar baja pureza, subclonalidad o ambas, y esto tiene diferentes implicaciones.

Qué aumenta o distorsiona un VAF

Los cambios en el número de copias desplazan la fracción. Si el alelo mutante se amplifica o se elimina el alelo de tipo salvaje (pérdida de heterocigosidad), la variante puede acercarse o superar el 50 por ciento incluso en una muestra impura. Esto es común en mutaciones supresoras de tumores como TP53.

El sesgo de amplificación por PCR y los artefactos de secuenciación también pueden distorsionar las fracciones de bajo nivel, lo cual es una de las razones por las que las llamadas de VAF muy bajas necesitan confirmación ortogonal.

VAF en pruebas basadas en sangre

En el ADN tumoral circulante, la fracción refleja la cantidad de ADN tumoral que se elimina en la sangre, lo que varía ampliamente. Un verdadero impulsor puede parecer muy inferior al 1 por ciento.

Los análisis de sangre también pueden detectar variantes de la hematopoyesis clonal, la expansión de clones de células sanguíneas relacionada con la edad, generalmente en genes como DNMT3A, TET2 y TP53, que pueden confundirse con señales tumorales.

Notas de interpretación

Un VAF bajo no significa automáticamente que una variante no sea importante; una mutación de resistencia subclonal del 2 por ciento todavía puede explicar el fracaso del tratamiento.

VAF debe leerse junto con la pureza del tumor, el número de copias locales y el límite de detección del ensayo, no de forma aislada.

Conclusiones clave

• ·VAF es la fracción de lecturas que llevan una variante, una medición, no una cantidad biológica.
• ·La baja pureza y la subclonalidad del tumor reducen una VAF somática.
• ·La ganancia o pérdida de heterocigosidad en el número de copias puede elevarlo hacia o por encima del 50 por ciento.
• ·En sangre, se espera un VAF bajo y la hematopoyesis clonal puede imitar variantes tumorales.