जीन फ्यूजन परीक्षण: मछली, इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री, डीएनए और आरएनए अनुक्रमण

प्रतिदीप्ति इन-सीटू संकरण

ब्रेक-अपार्ट फिश एक जीन के किनारे दो रंगीन जांच का उपयोग करती है। जब जीन बरकरार रहता है तो रंग ओवरलैप हो जाते हैं; जब इसे पुनर्व्यवस्थित किया जाता है तो वे अलग हो जाते हैं। यह पता लगाता है कि पार्टनर की पहचान किए बिना ब्रेक हो गया है।

मछली छोटे इंट्राक्रोमोसोमल पुनर्व्यवस्था को याद कर सकती है जहां जांच मुश्किल से अलग होती है, और इसे कट-ऑफ के विरुद्ध नाभिक की एक निर्धारित संख्या की व्याख्या की आवश्यकता होती है।

इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री

इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री संलयन प्रोटीन की असामान्य अभिव्यक्ति का पता लगाती है, उदाहरण के लिए एएलके प्रोटीन जो आमतौर पर फेफड़ों के ऊतकों में अनुपस्थित होता है। यह तेज़, सस्ता है और छोटे नमूनों पर काम करता है, जिससे यह एक अच्छी स्क्रीन बन जाती है।

विशिष्टता लक्ष्य के अनुसार भिन्न होती है: यह ALK के लिए अधिक है लेकिन ROS1 और NTRK के लिए कम है, इसलिए उनके लिए सकारात्मक परिणामों को अक्सर पुष्टि की आवश्यकता होती है।

डीएनए-आधारित अनुक्रमण

डीएनए अगली पीढ़ी का अनुक्रमण संलयन का पता लगा सकता है यदि यह क्रोनिक ब्रेकपॉइंट क्षेत्रों को कवर करता है। कठिनाई यह है कि ब्रेकप्वाइंट अक्सर बहुत बड़े या दोहराव वाले इंट्रोन्स में आते हैं जिन्हें जांच के साथ टाइल करना मुश्किल होता है, इसलिए कुछ फ़्यूज़न छूट जाते हैं।

डीएनए पैनल बिंदु उत्परिवर्तन और प्रतिलिपि संख्या में अच्छे हैं, इसलिए एक संयुक्त दृष्टिकोण आम है।

आरएनए-आधारित अनुक्रमण

आरएनए अनुक्रमण स्प्लिस्ड ट्रांसक्रिप्ट को पढ़ता है, जहां संलयन जंक्शन एक एकल स्वच्छ एक्सॉन-टू-एक्सॉन सीमा है, भले ही इंट्रॉन में डीएनए का टूटना कहां हुआ हो। यह इसे फ़्यूज़न का पता लगाने और पार्टनर और वैरिएंट की पहचान करने के लिए उपयुक्त बनाता है।

इसके लिए अच्छी गुणवत्ता वाले आरएनए की आवश्यकता होती है, जो पुराने या खराब संरक्षित नमूनों में सीमित हो सकता है, और दक्षता-परीक्षण डेटा शो का प्रदर्शन प्रयोगशालाओं के बीच भिन्न होता है।

व्याख्या नोट्स

एक नकारात्मक संलयन परिणाम को इस्तेमाल की गई विधि के विरुद्ध पढ़ा जाना चाहिए: सीमित क्रोनिक कवरेज वाला एक डीएनए पैनल, या अकेले इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री, आरएनए अनुक्रमण के रूप में आत्मविश्वास से संलयन को बाहर नहीं करता है।

जब एक लक्षित संलयन की प्रबल उम्मीद होती है लेकिन नहीं मिलता है, तो ऑर्थोगोनल विधि द्वारा परीक्षण उचित होता है।

मुख्य बातें

• ·फिश को पता चलता है कि ब्रेक हुआ है लेकिन पार्टनर का नहीं; छोटी-छोटी पुनर्व्यवस्थाएँ छूट सकती हैं।
• ·इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री एक अच्छी स्क्रीन है, जिसमें लक्ष्य के अनुसार परिवर्तनीय विशिष्टता होती है।
• ·डीएनए अनुक्रमण बड़े इंट्रोन्स में ब्रेकप्वाइंट के साथ फ़्यूज़न को मिस कर सकता है।
• ·आरएनए अनुक्रमण स्वच्छ संलयन जंक्शन को पढ़ता है और अक्सर यह पसंदीदा पुष्टिकरण विधि है।