अनुक्रमण परिणामों की पुष्टि: ऑर्थोगोनल परीक्षण की आवश्यकता कब होती है

पुष्टिकरण क्यों मौजूद है

अनुक्रमण कलाकृतियाँ पीसीआर त्रुटियों, अनुक्रमण रसायन विज्ञान, दोहराव या जीसी-समृद्ध क्षेत्रों में संरेखण समस्याओं और फॉर्मेलिन-प्रेरित डीएनए क्षति से उत्पन्न होती हैं जो वास्तविक उत्परिवर्तन की नकल करती हैं। एक ऑर्थोगोनल विधि द्वारा पुष्टि जिसमें विभिन्न विफलता मोड होते हैं, झूठी-सकारात्मक दर को कम कर देता है।

सेंगर अनुक्रमण पारंपरिक पुष्टिकरण विधि थी; आज प्रयोगशालाएँ दूसरी अगली पीढ़ी के अनुक्रमण परख, डिजिटल पीसीआर या एलील-विशिष्ट पीसीआर का भी उपयोग कर सकती हैं।

कौन सी कॉल की पुष्टि की जाती है

उच्च-आत्मविश्वास कॉल, उच्च वैरिएंट एलील अंश और मजबूत रीड समर्थन के साथ अच्छी तरह से कवर की गई स्थिति, अलग-अलग पुष्टि के बिना, मजबूत सत्यापन डेटा द्वारा समर्थित तेजी से रिपोर्ट की जा रही है।

जिन कॉलों के कलाकृतियां होने की अधिक संभावना है, उन्हें पुष्टि के लिए प्राथमिकता दी जाती है: निम्न वैरिएंट एलील अंश, कम कवरेज, होमोपोलिमर या दोहराव क्षेत्र, ज्ञात कलाकृति-प्रवण स्थिति, और कोई भी परिणाम जो सीधे एक प्रमुख उपचार निर्णय को प्रेरित करेगा।

सेंगर की सीमाएं

सेंगर अनुक्रमण में लगभग 15 से 20 प्रतिशत वैरिएंट एलील अंश का पता लगाने की सीमा होती है, इसलिए यह निम्न-स्तरीय कॉल की पुष्टि नहीं कर सकता है जो अगली पीढ़ी का अनुक्रमण कर सकता है। उनके लिए, अधिक संवेदनशील ऑर्थोगोनल विधि की आवश्यकता है।

इसलिए सेंगर द्वारा निम्न-स्तरीय कॉल की पुष्टि करने में विफलता का मतलब यह नहीं है कि कॉल गलत थी।

पुष्टि क्या साबित नहीं करती

पुष्टि से पता चलता है कि विश्लेषण किए गए डीएनए में वैरिएंट वास्तव में मौजूद है। यह स्थापित नहीं करता है कि वैरिएंट जर्मलाइन के बजाय दैहिक है, कि यह क्लोनल है, या कि यह चिकित्सकीय रूप से सार्थक है।

उन प्रश्नों के लिए साक्ष्य आधार के विरुद्ध युग्मित सामान्य परीक्षण, क्लोनलिटी मूल्यांकन और व्याख्या की आवश्यकता होती है।

व्याख्या नोट्स

यदि कोई रिपोर्ट नोट करती है कि एक कुंजी कॉल की ऑर्थोगोनल रूप से पुष्टि की गई थी, तो इससे कॉल की तकनीकी सटीकता में विश्वास जुड़ जाता है।

निम्न वैरिएंट एलील अंश कॉल के लिए, पूछें कि किस पुष्टिकरण विधि का उपयोग किया गया था, क्योंकि सेंगर उन्हें हल नहीं कर सकता है।

मुख्य बातें

• ·ऑर्थोगोनल पुष्टिकरण उन अनुक्रमण कलाकृतियों से बचाता है जो वास्तविक उत्परिवर्तन की नकल करते हैं।
• ·पुष्टि के लिए कम-वीएएफ, कम-कवरेज और दोहराव-क्षेत्र कॉल को प्राथमिकता दी जाती है।
• ·सेंगर अनुक्रमण लगभग 15 से 20 प्रतिशत वीएएफ से नीचे के वेरिएंट की पुष्टि नहीं कर सकता है।
• ·पुष्टिकरण उपस्थिति को साबित करता है, न कि दैहिक उत्पत्ति, क्लोनैलिटी या नैदानिक ​​अर्थ को।