वेरिएंट एलील फ्रैक्शन: रिपोर्ट पर प्रतिशत का क्या मतलब है

बुनियादी गणना

यदि 1,000 अनुक्रमण रीडिंग एक स्थिति को कवर करते हैं और 300 में वैरिएंट शामिल है, तो वैरिएंट एलील अंश 30 प्रतिशत है। यह डेटा से प्रत्यक्ष माप है, जो कि कोशिकाओं के किस अंश में उत्परिवर्तन होता है, के जैविक प्रश्न से अलग है।

शुद्ध सामान्य नमूने में जर्मलाइन विषमयुग्मजी संस्करण के लिए, अपेक्षित अंश लगभग 50 प्रतिशत है; एक समयुग्मजी संस्करण के लिए, 100 प्रतिशत के करीब।

दैहिक वीएएफ को क्या कम करता है

एक ट्यूमर के नमूने में, प्रत्येक कैंसर कोशिका में मौजूद एक क्लोनल विषमयुग्मजी उत्परिवर्तन सामान्य कोशिकाओं द्वारा पतला होता है। 40 प्रतिशत ट्यूमर शुद्धता पर, इसका अंश लगभग 20 प्रतिशत है। कम शुद्धता इसे और भी कम कर देती है।

एक सबक्लोनल उत्परिवर्तन, जो केवल कुछ कैंसर कोशिकाओं में मौजूद होता है, अभी भी कम है। तो कम अंश का मतलब कम शुद्धता, सबक्लोनैलिटी या दोनों हो सकता है, और इनके अलग-अलग निहितार्थ हैं।

वीएएफ को क्या बढ़ाता या विकृत करता है

कॉपी-संख्या परिवर्तन से अंश बदल जाता है। यदि उत्परिवर्ती एलील को बढ़ाया जाता है, या जंगली-प्रकार के एलील को हटा दिया जाता है (हेटेरोज़ायोसिटी का नुकसान), तो वैरिएंट अशुद्ध नमूने में भी 50 प्रतिशत तक पहुंच सकता है या उससे अधिक हो सकता है। यह टीपी53 जैसे ट्यूमर-दबाने वाले उत्परिवर्तन के लिए आम है।

पीसीआर प्रवर्धन पूर्वाग्रह और अनुक्रमण कलाकृतियां निम्न-स्तरीय अंशों को भी विकृत कर सकती हैं, जो एक कारण है कि बहुत कम वीएएफ कॉल के लिए ऑर्थोगोनल पुष्टि की आवश्यकता होती है।

रक्त-आधारित परीक्षण में वीएएफ

ट्यूमर डीएनए को प्रसारित करने में, अंश दर्शाता है कि कितना ट्यूमर डीएनए रक्त में बहाया गया है, जो व्यापक रूप से भिन्न होता है। एक सच्चा ड्राइवर 1 प्रतिशत से भी कम में दिखाई दे सकता है।

रक्त परीक्षण क्लोनल हेमटोपोइजिस, रक्त-कोशिका क्लोन के आयु-संबंधित विस्तार, विशेष रूप से डीएनएमटी3ए, टीईटी2 और टीपी53 जैसे जीनों में भिन्नता का पता लगा सकता है, जिसे ट्यूमर सिग्नल के लिए गलत माना जा सकता है।

व्याख्या नोट्स

कम VAF का स्वचालित रूप से यह मतलब नहीं है कि कोई संस्करण महत्वहीन है; 2 प्रतिशत पर एक सबक्लोनल प्रतिरोध उत्परिवर्तन अभी भी उपचार विफलता की व्याख्या कर सकता है।

वीएएफ को ट्यूमर की शुद्धता, स्थानीय प्रतिलिपि संख्या और परख की पहचान की सीमा के साथ पढ़ा जाना चाहिए, अलग से नहीं।

मुख्य बातें

• ·वीएएफ एक प्रकार का रीडिंग का अंश है, एक माप जो जैविक मात्रा नहीं है।
• ·कम ट्यूमर की शुद्धता और सबक्लोनेलिटी दोनों ही दैहिक वीएएफ को कम करते हैं।
• ·कॉपी-नंबर का लाभ या हेटेरोज़ायोसिटी का नुकसान इसे 50 प्रतिशत तक या उससे ऊपर बढ़ा सकता है।
• ·रक्त में, कम वीएएफ अपेक्षित है, और क्लोनल हेमटोपोइजिस ट्यूमर वेरिएंट की नकल कर सकता है।