Deficiência de recombinação homóloga: testes BRCA, ATM e HRD

HRD descreve um estado de reparo, não um gene

A recombinação homóloga está mais disponível em S e G2, quando uma cromátide irmã pode fornecer um modelo. BRCA1 ajuda a coordenar a ressecção final e o recrutamento de PALB2 – BRCA2; BRCA2 ajuda a carregar RAD51 em DNA de fita simples; O RAD51 então realiza a busca de homologia e a reação de invasão de fita. A proteção contra bifurcação de replicação adiciona outra camada que não é capturada por um diagrama linear simples.

A perda de ambas as cópias funcionais de um gene central de HR pode prejudicar este sistema, mas a frase “HRD positivo” também pode vir de um ensaio que reconhece padrões deixados por disfunção de reparo anterior. Uma cicatriz pode persistir mesmo que um tumor resistente restaure posteriormente a FC através de uma reversão ou outro evento compensatório. O status do gene, a história genômica e a função atual são, portanto, medidas relacionadas, mas distintas.

BRCA1, BRCA2 e ATM ocupam posições diferentes

BRCA1 e BRCA2 são mediadores centrais de RH com funções diferentes. O BRCA1 participa precocemente na escolha do caminho e no processamento final e ajuda a conectar locais danificados ao PALB2. BRCA2 atua posteriormente para regular a formação do filamento RAD51. Uma alteração patogênica ainda pode precisar de evidência de perda do segundo alelo, silenciamento do promotor ou outro evento antes que se possa presumir que um tumor não possui a função relevante.

ATM é principalmente uma quinase de resposta a danos que é recrutada em quebras de fita dupla e coordena ponto de verificação e sinalização de reparo. A perda de ATM pode afetar a resposta mais ampla ao dano ao DNA, mas não é mecanicamente idêntica à perda de BRCA1 ou BRCA2. As evidências de uma população definida pelo BRCA não devem ser transferidas automaticamente para cada descoberta de ATM.

Testes de linha germinativa e tumoral respondem a diferentes perguntas

Um teste de linha germinativa procura uma alteração hereditária presente em todo o corpo, geralmente usando sangue ou saliva. Um resultado confirmado de BRCA1/2 patogênico ou provavelmente patogênico pode informar uma avaliação de risco hereditário e uma discussão sobre parentes de testes. Isso não significa que o câncer seja inevitável ou esteja presente. Um VUS não deve ser tratado como um resultado patogênico.

O sequenciamento do tumor pergunta quais alterações estão presentes em uma amostra de câncer. Uma alteração BRCA prejudicial num tumor pode ser somática ou germinativa, por isso o NCI aconselha discutir se o teste da linha germinativa é apropriado. A pureza do tumor, a fração alélica variante, o estado do número de cópias e o desenho do ensaio afetam se a perda bialélica pode ser inferida; o nome do gene por si só está incompleto.

O que um teste HRD de cicatriz genômica mede

Os ensaios de cicatriz genômica combinam um ou mais padrões, tais como perda de heterozigosidade, desequilíbrio alélico telomérico, transições de estado em grande escala, assinaturas mutacionais ou características de rearranjo. Estas são consequências acumuladas ao longo da evolução do tumor. Diferentes plataformas utilizam diferentes funcionalidades, algoritmos, requisitos de amostras e limites, pelo que as pontuações de ensaios separados não devem ser tratadas como números intercambiáveis.

Um resultado de cicatriz pode ampliar a pesquisa além de BRCA1/2, mas pode não identificar o evento causal e não mostra diretamente se uma célula tumoral viva pode formar focos RAD51 hoje. Por outro lado, uma única alteração genética relacionada à FC não garante um alto escore cicatricial. A conclusão apropriada limita-se ao que o ensaio validado foi concebido e estudado para relatar.

As evidências de tratamento devem permanecer dentro do ambiente testado

A inibição de PARP pode explorar defeitos de recombinação homóloga selecionados através de inibição catalítica, aprisionamento de PARP e danos associados à replicação. No entanto, a força da evidência difere consoante o tipo de cancro, estádio, linha de terapia, manutenção ou configuração do tratamento, linha germinativa versus estado somático, ensaio e medicamento. Uma justificativa ampla não é uma regra de prescrição universal.

A resistência pode emergir através da reversão do BRCA, restauração da ressecção final ou proteção do garfo de replicação, alterações no efluxo de drogas e outros mecanismos. Essa é outra razão pela qual uma cicatriz histórica de HRD não pode garantir a sensibilidade atual. A interpretação clínica deve usar o relatório exato juntamente com um rótulo atual, uma diretriz e o contexto oncológico do paciente.

Uma ordem de leitura prática para um relatório de HRD

Primeiro identifique a amostra e o escopo do teste: linha germinativa, sequenciamento de tumor, ensaio de cicatriz genômica ou uma combinação. Em seguida, preserve a classificação exata da variante e a redação da zigosidade ou do número de cópias. Em seguida, registre o nome do ensaio, a pontuação, o ponto de corte, o tipo de tumor e as notas de qualidade da amostra, em vez de copiar apenas “positivo” ou “negativo”.

Por fim, separe as questões. O risco herdado pertence aos cuidados treinados em genética; a evidência do tratamento do tumor pertence à equipe de oncologia responsável pelo tratamento; variantes incertas pertencem ao processo de reclassificação do laboratório de testes. Essa sequência evita que um resultado seja ampliado além da pergunta que foi projetado para responder.

Principais conclusões

• ·HRD é um conceito funcional; uma variante BRCA, alteração ATM e pontuação de cicatriz genômica não são sinônimos.
• ·Os testes de linha germinativa e de tumor respondem a perguntas diferentes, e um resultado de BRCA tumoral pode justificar - mas não substitui - a avaliação da linha germinativa.
• ·As cicatrizes genômicas descrevem a história do tumor e podem não provar o gene causal ou a função atual da FC.
• ·As descobertas ATM não devem ser consideradas como se comportando como perda BRCA1/2.
• ·As evidências de tratamento e os limites de ensaio são específicos da doença, da plataforma e do regime.