参考基因组构建：为什么 GRCh37 与 GRCh38 出现在报告中

什么是参考版本

参考基因组是一个共有序列，用于比对和比较人的 DNA 读数。它由基因组参考联盟定期更新，以填补空白并纠正错误。

GRCh37（也称为 hg19）于 2009 年发布； 2013 年的 GRCh38 (hg38)，还有持续的小补丁。 GRCh38 纠正了数千个错误，缩小了差距，并更好地代表了个体之间差异的区域。

为什么坐标不同

由于在构建之间添加并重新排列了序列，因此相同的变体在 GRCh37 和 GRCh38 中位于不同的数字位置。报告应说明其使用的构建。

蛋白质或转录本水平的变异命名法（例如特定氨基酸变化）更加稳定，这是临床报告强调该描述与基因组坐标的原因之一。

文字记录版本也很重要

编码变体相对于该基因所选的参考转录物进行编号。基因可以有多个转录本，使用不同的转录本会改变编码位置，有时还会改变预测的结果。

实验室越来越多地使用标准化参考转录本集来减少这种歧义，但较旧的报告可能使用不同的转录本。

实际后果

将新报告与旧报告进行比较，或在数据库中查找变体时，构建和转录本必须匹配，或者必须转换（提升）坐标。提升通常是可靠的，但在重新排列的区域可能会失败。

总体频率资源是特定于构建的，因此在错误构建中查找的频率可能会产生误导。

解释说明

在与其他来源进行比较之前，检查任何变异报告上的基因组构建和参考转录本。

变体的蛋白质水平描述是最便携的标识符，也是大多数精心策划的临床数据库的重点。

要点

• ·GRCh37 和 GRCh38 是连续的参考版本；每个变体都有不同的坐标。
• ·报告应说明构建和使用的参考转录本。
• ·蛋白质水平的变异描述比基因组坐标更稳定。
• ·比较报告或查找总体频率时，构建不匹配会导致错误。