全外显子组与全基因组测序：各自涵盖的内容

外显子组测序读取什么

全外显子组测序在测序前使用捕获探针富集蛋白质编码外显子。由于它针对基因组的一小部分，因此可以以适中的成本实现编码区域的深度覆盖。

它可靠地检测编码点突变和小插入和缺失，并提供编码突变负载的全基因组视图，但其捕获不均匀，并且很难覆盖非编码和结构变异。

基因组测序增加了什么

全基因组测序没有捕获步骤，因此覆盖范围更均匀，并且包括内含子、启动子、调控区和基因之间的空间。

这使得它更适合结构重排、影响剪接的深内含子变异、线粒体 DNA 和突变特征分析。它会生成更多的数据，并且运行和存储的成本更高。

用于癌症

肿瘤研究同时使用这两种方法；在临床上，靶向面板占据主导地位，因为它们更便宜、更快且更容易解释。全基因组测序用于一些国家计划以及针对组合信息不丰富的肿瘤。

肿瘤突变负荷是根据其原始形式的全外显子组数据定义的，并且基于面板的估计值根据它进行校准，这在比较不同测定的值时是相关的。

在遗传性疾病中的应用

对于罕见的遗传性疾病，全外显子组测序具有可靠的诊断效果，全基因组测序通过捕获外显子组遗漏的结构和非编码变异来增加增量诊断。

两者都提出了与测试原因无关的基因次要发现的问题，实验室根据同意和政策进行处理。

解释说明

这两种方法都不能保证完全覆盖；外显子组捕获存在缺陷，甚至基因组测序也难以处理高度重复的区域。

报告应说明方法和平均覆盖率，阴性结果受实际测序良好的结果限制。

要点

• ·外显子组测序以较低的成本深度覆盖编码区域，但遗漏了非编码和结构变异。
• ·基因组测序具有统一的覆盖范围并捕获结构、内含子和调控变异。
• ·临床癌症检测主要使用靶向组合；基因组测序用于特定项目。
• ·肿瘤突变负荷锚定于外显子组数据，影响交叉测定比较。