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癌症遗传学· 3 分钟阅读

NGS 面板与热点测试:广度与焦点

分子测试范围从检查少数已知突变位置的小型测定到覆盖数百个基因的大型下一代测序组。该选择会影响可以找到的内容、速度以及如何读取阴性结果。

快速解答

分子测试范围从检查少数已知突变位置的小型测定到覆盖数百个基因的大型下一代测序组。该选择会影响可以找到的内容、速度以及如何读取阴性结果。

NGS 组合与热点测试:广度与焦点:机制和解释图三个相连的阶段总结了文章的机制、测量的效果和解释边界。EGFR·KRAS·BRAF1热点检测机制2广泛的 NGS 面板观察到的后果3负面结果问题在上下文中解释基因或通路证据 → 测量的表型 → 检测感知结论
机制图:文章的主要生物学阶段与最终解释是分开的,因此通路关系不会被误认为是临床结论。

热点检测

热点测试通常基于 PCR,询问重复突变位置的定义列表,例如 EGFR 外显子 19 缺失、L858R 和 T790M 或 KRAS 密码子 12 和 13 变化。它们快速、便宜、低输入时灵敏且适用于小样品。

他们的局限性是只能找到列表中的内容。同一基因中的异常或新变体或融合体将不会被检测到。

广泛的 NGS 面板

大型面板对许多基因的编码区进行测序,可以检测替换、插入和缺失、拷贝数变化,以及通常的融合和复杂的生物标志物,例如肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性。

他们需要更多的组织、时间和成本,但一次测试可以涵盖当前和新兴的目标,从而减少连续测试导致组织耗竭的可能性。

负面结果问题

负面热点结果很常见,并且可能会产生误导。例如,围绕经典变异设计的检测会遗漏许多 EGFR 外显子 20 插入和不常见的 EGFR 突变。

当针对检测未完全覆盖的突变类型存在靶向治疗时,阴性结果应被视为不完整而不是确定的。

选择方法

在快速结果推动紧急决策的环境中,对最可行的改变进行热点测试,然后进行反射广泛测序是一种常见的折衷方案。

指南越来越多地建议在晚期非小细胞肺癌等癌症中预先进行广泛的小组测试,其中多种生物标志物均已批准药物。

解释说明

报告应列出涵盖哪些基因和区域。根据该范围读取负面结果,而不是全面缺席。

如果最初的有限测试呈阴性并且对驾驶员的临床怀疑度很高,则升级到更广泛的测试是适当的。

要点

  • ·热点检测快速且灵敏,但仅检测列出的变体。
  • ·广泛的 NGS 组合在一项测试中涵盖了多种变异类型和生物标志物。
  • ·阴性热点结果可能会错过外显子 20 插入、不常见的突变和融合。
  • ·指南越来越倾向于在存在多个目标的情况下预先进行广泛的小组测试。

将这些基因置于通路背景中

常见问题解答

NGS Panel 与热点测试:广度与焦点的关键思想是什么?

分子测试范围从检查少数已知突变位置的小型测定到覆盖数百个基因的大型下一代测序组。该选择会影响可以找到的内容、速度以及如何读取阴性结果。

结果或机制应保留什么?

广泛的 NGS 组合在一项测试中涵盖了多种变异类型和生物标志物。阴性热点结果可能会错过外显子 20 插入、罕见突变和融合。指南越来越倾向于在存在多个目标的情况下预先进行广泛的小组测试。

参考文献

  1. 1体细胞突变小组:是时候还清他们的名字了. 癌症遗传学, 2019. PubMed
  2. 2下一代基于测序的肿瘤学小组验证指南. 分子诊断杂志, 2017. PubMed
  3. 3更新的选择肺癌患者接受靶向酪氨酸激酶抑制剂治疗的分子检测指南. 病理学与检验医学档案, 2018. PubMed
  4. 4阿米万他单抗治疗 EGFR 外显子 20 插入突变的非小细胞肺癌:CHRYSALIS I 期初步结果. 临床肿瘤学杂志, 2021. PubMed

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