基因融合测试：FISH、免疫组织化学、DNA 和 RNA 测序

荧光原位杂交

分离 FISH 使用基因两侧的两个彩色探针。当基因完整时，颜色会重叠；当基因完整时，颜色会重叠。当它重新排列时，它们会分开。它检测到发生了中断，但未识别合作伙伴。

FISH 可能会错过探针几乎无法分离的小型染色体内重排，并且需要根据截止值解释一定数量的细胞核。

免疫组织化学

免疫组织化学检测融合蛋白的异常表达，例如肺组织中通常不存在的 ALK 蛋白。它速度快、价格便宜并且适用于小样品，使其成为一个很好的屏幕。

特异性因靶标而异：ALK 的特异性较高，但 ROS1 和 NTRK 的特异性较低，因此这些阳性结果通常需要确认。

基于 DNA 的测序

DNA 新一代测序可以检测覆盖内含子断点区域的融合。困难在于断点通常落在非常大或重复的内含子中，这些内含子很难用探针平铺，因此会错过一些融合。

DNA panel 擅长点突变和拷贝数，因此组合方法很常见。

基于 RNA 的测序

RNA 测序读取剪接转录本，其中融合连接是单个干净的外显子到外显子边界，无论 DNA 断裂发生在内含子中的哪个位置。这使得它非常适合检测融合并识别伴侣和变体。

它需要高质量的 RNA，而这在较旧或保存不良的样本中可能受到限制，并且能力验证数据显示实验室之间的性能存在差异。

解释说明

阴性融合结果应根据所使用的方法进行解读：内含子覆盖范围有限的 DNA 组合或单独的免疫组织化学并不能像 RNA 测序那样可靠地排除融合。

当强烈期望可靶向融合但未找到时，通过正交方法进行测试是合理的。

要点

• ·FISH 检测到发生了中断，但伙伴未检测到；小的重新安排可能会被忽略。
• ·免疫组织化学是一种很好的筛选方法，根据靶标具有不同的特异性。
• ·DNA 测序可能会漏掉大内含子中断点的融合。
• ·RNA 测序读取干净的融合连接，通常是首选的验证方法。